知識発見のためのセマンティックウェブ上のタンパク質オントロジー

タンパク質オントロジー（Pro）は、タンパク質ファミリーからタンパク質に至るまで、タンパク質関連エンティティの存在論的表現を提供します。Protein Ontology Linked Open Data（LOD）は、リソース説明フレームワーク（RDF）を使用してセマンティックWeb上のタンパク質関連エンティティに関する知識を公開、共有、および接続し、生物学的知識発見のために他のリンクされたオープンデータとの統合を可能にします。たとえば、特定の疾患関連に基づいて、タンパク質（またはその変異体）は取得できます。コミュニティのリソースとして、私たちは見つけやすさ、アクセシビリティ、相互運用性、再利用可能性（公正）の原則に従い、データの定期的な更新を広め、さまざまな形式でデータへのアクセス、クエリ、ダウンロードのための複数の方法をサポートし、科学者向けのドキュメントを提供するよう努めています。およびプログラマー。Proリンクされたオープンデータは、ファセットブラウザーインターフェイスを介して閲覧し、Yasguiを介してSPARQLを使用して照会できます。RDFデータダンプもダウンロードできます。さらに、プログラマティックデータアクセスをサポートするためにRESTFUL APIを開発しました。また、データのW3C HCLS仕様に準拠したメタデータ説明も提供しています。Proリンクされたオープンデータは、https：//lod.proconsortium.org/で入手できます。

The Protein Ontology (PRO) provides an ontological representation of protein-related entities, ranging from protein families to proteoforms to complexes. Protein Ontology Linked Open Data (LOD) exposes, shares, and connects knowledge about protein-related entities on the Semantic Web using Resource Description Framework (RDF), thus enabling integration with other Linked Open Data for biological knowledge discovery. For example, proteins (or variants thereof) can be retrieved on the basis of specific disease associations. As a community resource, we strive to follow the Findability, Accessibility, Interoperability, and Reusability (FAIR) principles, disseminate regular updates of our data, support multiple methods for accessing, querying and downloading data in various formats, and provide documentation both for scientists and programmers. PRO Linked Open Data can be browsed via faceted browser interface and queried using SPARQL via YASGUI. RDF data dumps are also available for download. Additionally, we developed RESTful APIs to support programmatic data access. We also provide W3C HCLS specification compliant metadata description for our data. The PRO Linked Open Data is available at https://lod.proconsortium.org/ .