Deg 15、組み込み分析ツールを含む必須遺伝子のデータベースの更新

必須遺伝子は、特定の条件下で生存することが生物によって必要とされる遺伝子を指します。細菌の最小遺伝子セットの研究は、生命を維持する基本的な細胞プロセスを解明しました。過去5年間は、主にさまざまなタイプのヒト細胞でのCRISPR/CAS9の使用が成功したため、ヒトの必須遺伝子を特定することに大きな進歩を遂げています。Essential遺伝子のデータベース（www.essentialgene.org）の新しいリリースであるDeg 15は、Deg 10と比較して大きな進歩を提供しました。2倍以上になりました。注目すべきことに、人間の本質的な数は10倍以上増加しています。さらに、バクテリアの先頭鎖と遅れた鎖の間の本質的な遺伝子分布、細胞内局在分布、遺伝子オントロジーとKEGG経路の濃縮分析、およびベンの生成など、ユーザーがさまざまな分析を実行できる組み込み分析モジュールを開発しました。実験間の遺伝子セットを比較対照する図。さらに、データベースは、種および実験固有のブラスト検索を実行するためのカスタマイズ可能なブラストツールを提供します。したがって、DEGは、必須遺伝子分析を強化するための組み込みツールを備えた原核生物と真核生物の間で、人間がキュレーションした本質記録を更新したことを包括的に抱いています。

Essential genes refer to genes that are required by an organism to survive under specific conditions. Studies of the minimal-gene-set for bacteria have elucidated fundamental cellular processes that sustain life. The past five years have seen a significant progress in identifying human essential genes, primarily due to the successful use of CRISPR/Cas9 in various types of human cells. DEG 15, a new release of the Database of Essential Genes (www.essentialgene.org), has provided major advancements, compared to DEG 10. Specifically, the number of eukaryotic essential genes has increased by more than fourfold, and that of prokaryotic ones has more than doubled. Of note, the human essential-gene number has increased by more than tenfold. Moreover, we have developed built-in analysis modules by which users can perform various analyses, such as essential-gene distributions between bacterial leading and lagging strands, sub-cellular localization distribution, enrichment analysis of gene ontology and KEGG pathways, and generation of Venn diagrams to compare and contrast gene sets between experiments. Additionally, the database offers customizable BLAST tools for performing species- and experiment-specific BLAST searches. Therefore, DEG comprehensively harbors updated human-curated essential-gene records among prokaryotes and eukaryotes with built-in tools to enhance essential-gene analysis.