Secretome分析のためのSecret3Dワークフロー

セクレトーム分析は、細胞外プロセスを解明するために重要です。しかし、分泌されたタンパク質は、細胞培養培地に由来する血清タンパク質の汚染と、トリプシン消化を妨げる高グリコシル化のために、質量分析ベースの分析で検出するのが困難です。Secret3Dワークフローは、in vitro培養細胞からのセクレトームのグローバル分析のための最適化されたプロトコルです。効率的で堅牢なタンパク質の識別と定量化を可能にし、分泌されたタンパク質の推定N-グリコシル化部位に関する情報を提供します。このプロトコルの使用と実行の詳細については、Matafora et alを参照してください。（2020）。

Secretome analysis is crucial to unravel extracellular processes. However, secreted proteins are difficult to detect in mass-spectrometry-based analysis due to contamination of serum proteins deriving from cell culture media and to high glycosylation, which hampers tryptic digestion. Secret3D workflow is an optimized protocol for the global analysis of secretome from in vitro cultured cells. It allows efficient and robust protein identification and quantitation and provides information on putative N-glycosylation sites of the secreted proteins. For complete details on the use and execution of this protocol, please refer to Matafora et al. (2020).