サイズによるRNAの分離：変性尿素ポリアクリルアミドゲルによるRNAの電気泳動

薄い（0.4〜1.5 mm）ポリアクリルアミド - 尿素ゲルは、サイズが最大1000 ntのRNAの高分解能を提供し、長さが1 ntだけ異なるRNAの一本鎖フラグメントを分解できます。ポリアクリルアミドゲルは、2つの薄いテフロンまたはナイロンスペーサーによって分離された2つのガラス板の間に鋳造されます。いわゆるサメの歯の櫛、または頻繁には、標準的なスロット付きの櫛は、電気泳動前にRNAサンプルがロードされるサンプルウェルを形成します。ゲルが水平になっている間に発生するアガロースゲルを使用した電気泳動とは対照的に、垂直位置にいる間にポリアクリルアミドゲルが実行されます。ゲルは通常、RNAの融解温度である45°C-55°Cで、6〜8 mの尿素の存在下でも動作します。8 mの尿素/tbeポリアクリルアミドゲルについてここに示されているゲルレシピとプロトコルは、Nuclease S1、リボヌクレアーゼ保護アッセイ、またはプライマー拡張によるRNAの分析を含むRNAをマッピングするさまざまなアプリケーションに使用できます。

Thin (0.4-1.5 mm) polyacrylamide-urea gels provide high resolution of RNAs up to 1000 nt in size and are capable of resolving single-stranded fragments of RNA that differ in length by as little as 1 nt. The polyacrylamide gel is cast between two glass plates that are separated by two thin Teflon or nylon spacers. A so-called shark's tooth comb or, less frequently, a standard slotted comb forms the sample wells into which the RNA samples are loaded before electrophoresis. In contrast to electrophoresis using agarose gels, which occurs while the gel is horizontal, polyacrylamide gels are run while in the vertical position. Gels are also typically run at 45°C-55°C, which is the melting temperature of RNA, and in the presence of 6-8 m urea. The gel recipe and protocol presented here for 8 m urea/TBE polyacrylamide gels can be used for a variety of applications including mapping RNA with nuclease S1, ribonuclease protection assay, or analysis of RNA by primer extension.