ウイルス全ゲノムクローニングと長期読みのシーケンスを使用した日本の扁桃由来のエプスタインバーウイルス株のグローバルな系統解析

Epstein-Barr Virus（EBV）は、大多数の健康な人に生涯にわたる潜在的な感染を確立しますが、一部の悪性腫瘍を含むさまざまな疾患の原因剤です。最近のハイスループットシーケンスの結果は、異なるEBV株の間でウイルスゲノムの不均一性にかなりのレベルがあることを示しています。ただし、無症候性に感染した個人間のEBVひずみの変動の程度はとらえどころのないままです。ここでは、無症候性EBV感染の貯水池であるヒト扁桃組織に由来するEBVゲノムをクローンおよび配列するための合理化された実験戦略を提示します。繰り返し領域のものを含む完全なEBVゲノム配列は、7つの扁桃由来EBV株に対して決定されました。世界的な非腫瘍由来EBV株のウイルスゲノム配列全体に基づく系統解析により、アジアのEBV株がいくつかの異なるサブグループに分割できることが明らかになりました。鼻咽頭癌性地域に由来するEBV株は、日本を含む非流行地域のEBV株のサブグループとは異なるサブグループを構成します。結果は、アジア諸国の異なる地域を植民地化するさまざまなEBV株に応じて、EBV関連疾患の偏った地域分布と一致する可能性があります。

Epstein-Barr virus (EBV) establishes lifelong latent infection in the majority of healthy individuals, while it is a causative agent for various diseases, including some malignancies. Recent high-throughput sequencing results indicate that there are substantial levels of viral genome heterogeneity among different EBV strains. However, the extent of EBV strain variation among asymptomatically infected individuals remains elusive. Here, we present a streamlined experimental strategy to clone and sequence EBV genomes derived from human tonsillar tissues, which are the reservoirs of asymptomatic EBV infection. Complete EBV genome sequences, including those of repetitive regions, were determined for seven tonsil-derived EBV strains. Phylogenetic analyses based on the whole viral genome sequences of worldwide non-tumour-derived EBV strains revealed that Asian EBV strains could be divided into several distinct subgroups. EBV strains derived from nasopharyngeal carcinoma-endemic areas constitute different subgroups from a subgroup of EBV strains from non-endemic areas, including Japan. The results could be consistent with biased regional distribution of EBV-associated diseases depending on the different EBV strains colonizing different regions in Asian countries.