SARS-COV-2に挑戦したアカゲザルにおけるサブ遺伝子と総RNAの比較

呼吸器ウイルスチャレンジの研究には、同じ解剖学的位置からの保護を評価するために、チャレンジウイルスの投与とサンプリングが含まれます。したがって、入力チャレンジウイルスと積極的に複製するウイルスを区別することは困難です。SARS-COV-2の場合、ワクチン、モノクローナル抗体、および抗ウイルス薬の保護および治療効果を調査するには、積極的に複製されたウイルスの特異的モニタリングが重要です。SARS-COV-2サブ遺伝子RNA（SGRNA）RT-PCRアッセイを開発して、生産性感染を不活性化または中和ウイルスと区別しました。サブ遺伝子RNAは細胞侵入後に生成され、成熟したビリオンに不十分に組み込まれているため、活発に複製するウイルスのマーカーを提供する可能性があります。封筒（E）SGRNAが感染した細胞溶解物のRNaseによって分解されたが、おそらくビリオンへの包装のためにゲノムRNA（GRNA）が保護されていることを示しています。入力チャレンジウイルスをin vivoで積極的に複製することを区別するためのSGRNAアッセイの能力を調査するために、sgrNAアッセイを回復胎生のマカックおよび抗体処理したアカゲザクの標準核タンパク質（N）またはE総RNAアッセイと比較しました。実験的なSARS-COV-2チャレンジ。両方の研究では、E SGRNAアッセイは陰性であり、保護効果を示唆していますが、NおよびE総RNAアッセイは陽性のままでした。これらのデータは、SGRNAの潜在的な有用性を示唆しており、予防的および治療的SARS-COV-2研究における積極的に複製されたウイルスを監視します。チャレンジの研究中、呼吸ウイルスは同じ解剖学的位置から送達され、サンプリングされます。したがって、ウイルスを積極的に複製することと入力チャレンジウイルスを区別することが重要です。SARS-COV-2ウイルスを検出するための最も一般的なアッセイ、逆転写ポリメラーゼ連鎖反応（RT-PCR）ヌクレオカプシド総RNAを標的とすることは、中和入力ウイルスと反射するウイルスを区別することはできません。この研究では、SARS-COV-2サブ遺伝子RNAを、アカゲザルのマカクにおける反射ウイルスの潜在的な尺度として評価します。

Respiratory virus challenge studies involve administration of the challenge virus and sampling to assess for protection from the same anatomical locations. It can therefore be difficult to differentiate actively replicating virus from input challenge virus. For SARS-CoV-2, specific monitoring of actively replicating virus is critical to investigate the protective and therapeutic efficacy of vaccines, monoclonal antibodies, and antiviral drugs. We developed a SARS-CoV-2 subgenomic RNA (sgRNA) RT-PCR assay to differentiate productive infection from inactivated or neutralized virus. Subgenomic RNAs are generated after cell entry and are poorly incorporate into mature virions, and thus may provide a marker for actively replicating virus. We show envelope (E) sgRNA was degraded by RNase in infected cell lysates, while genomic RNA (gRNA) was protected, presumably due to packaging into virions. To investigate the capacity of the sgRNA assay to distinguish input challenge virus from actively replicating virus in vivo, we compared the E sgRNA assay to a standard nucleoprotein (N) or E total RNA assay in convalescent rhesus macaques and in antibody-treated rhesus macaques after experimental SARS-CoV-2 challenge. In both studies, the E sgRNA assay was negative, suggesting protective efficacy, whereas the N and E total RNA assays remained positive. These data suggest the potential utility of sgRNA to monitor actively replicating virus in prophylactic and therapeutic SARS-CoV-2 studies.ImportanceDeveloping therapeutic and prophylactic countermeasures for the SARS-CoV-2 virus is a public health priority. During challenge studies, respiratory viruses are delivered and sampled from the same anatomical location. It is therefore important to distinguish actively replicating virus from input challenge virus. The most common assay for detecting SARS-CoV-2 virus, reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) targeting nucleocapsid total RNA, cannot distinguish neutralized input virus from replicating virus. In this study, we assess SARS-CoV-2 subgenomic RNA as a potential measure of replicating virus in rhesus macaques.