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この研究の目的は、結腸直腸癌（CRC）の早期診断と監視のために、結腸直腸腫瘍関連マクロファージ（TAM）バイオマーカーを探索することでした。Bioinformatic Methodを使用して、CRC関連のマクロファージ（GEO：GSE29214）のアレイ発現データをスクリーニングし、CRC関連のマクロファージと正常コントロール細胞の間の差次的に発現した遺伝子（DEG）を検出しました。対照群と比較して、TAMで431度が見つかりました。399はアップレギュレートされ、32はダウンレギュレートされました。機能的濃縮分析では、DEGがERK1およびERK2カスケードの陽性調節、免疫応答に関与する細胞活性化、サイトカイン媒介シグナル伝達経路、および受容体活性に関与していることが示されました。ハブ遺伝子を特定するために、タンパク質間相互作用（PPI）ネットワークを構築しました。PPIネットワークで、ITGB2、ITGAM、C3AR1、PTAFR、C3、CYBB、FCER1G、PLAU、SMO、およびGPR84の10個のハブ遺伝子を特定しました。末梢血単核細胞のアレイ発現データを使用して結果を検証しました（GEO：GSE47756）。結果は、CyBB、Plau、およびSMEの発現傾向がGSE29214データセットに見られるものと一致していることを示しました。癌ゲノムアトラスおよびヒトタンパク質アトラスによるさらなる検証により、TAMSのプラウの高発現が統計的に有意であることが示されました（P <0.05）。PlauはCRC関連のマクロファージのバイオマーカーであり、CRC管理における臨床的有用性について予後的かつ予測的な有意性を持っている可能性があると結論付けました。
この研究の目的は、結腸直腸癌（CRC）の早期診断と監視のために、結腸直腸腫瘍関連マクロファージ（TAM）バイオマーカーを探索することでした。Bioinformatic Methodを使用して、CRC関連のマクロファージ（GEO：GSE29214）のアレイ発現データをスクリーニングし、CRC関連のマクロファージと正常コントロール細胞の間の差次的に発現した遺伝子（DEG）を検出しました。対照群と比較して、TAMで431度が見つかりました。399はアップレギュレートされ、32はダウンレギュレートされました。機能的濃縮分析では、DEGがERK1およびERK2カスケードの陽性調節、免疫応答に関与する細胞活性化、サイトカイン媒介シグナル伝達経路、および受容体活性に関与していることが示されました。ハブ遺伝子を特定するために、タンパク質間相互作用（PPI）ネットワークを構築しました。PPIネットワークで、ITGB2、ITGAM、C3AR1、PTAFR、C3、CYBB、FCER1G、PLAU、SMO、およびGPR84の10個のハブ遺伝子を特定しました。末梢血単核細胞のアレイ発現データを使用して結果を検証しました（GEO：GSE47756）。結果は、CyBB、Plau、およびSMEの発現傾向がGSE29214データセットに見られるものと一致していることを示しました。癌ゲノムアトラスおよびヒトタンパク質アトラスによるさらなる検証により、TAMSのプラウの高発現が統計的に有意であることが示されました（P <0.05）。PlauはCRC関連のマクロファージのバイオマーカーであり、CRC管理における臨床的有用性について予後的かつ予測的な有意性を持っている可能性があると結論付けました。
The aim of this study was to explore colorectal tumor-associated macrophage (TAM) biomarkers for early diagnosis and surveillance of colorectal cancer (CRC). We used bioinformatic methods to screen array expression data of CRC-related macrophages (GEO: GSE29214) to detect the differentially expressed genes (DEGs) between CRC-related macrophages and normal control cells. We found 431 DEGs in TAMs compared with the control group; 399 were up-regulated and 32 were down-regulated. A functional enrichment analysis showed that the DEGs were involved in positive regulation of the ERK1 and ERK2 cascade, cell activation involved in the immune response, cytokine-mediated signaling pathway, and receptor activity, all of which were significantly enriched. We constructed a protein-protein interaction (PPI) network to identify hub genes. We identified 10 hub genes: ITGB2, ITGAM, C3AR1, PTAFR, C3, CYBB, FCER1G, PLAU, STOM, and GPR84, in the PPI network. We verified the results using array expression data of peripheral blood mononuclear cells (GEO: GSE47756). The results showed that the expression trends of CYBB, PLAU, and STOM were consistent with those found in the GSE29214 dataset. Further verification with The Cancer Genome Atlas and Human Protein Atlas showed that the high expression of PLAU in TAMs was statistically significant (P<0.05). We concluded that PLAU may be a biomarker of CRC-associated macrophages and may have prognostic and predictive significance for clinical utility in CRC management.
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