マウス経口菌群のための16S rRNA遺伝子とドラフトゲノムデータベース

マウスベースの研究の参照として使用されるキュレーションマウス経口微生物叢データベースは、細菌培養、16S RRNA遺伝子アンプリコン、および全ゲノムシーケンスの組み合わせを使用して構築されています。データベースは、培養分離株からのほぼ全長の16S rRNA遺伝子配列のコレクションと、特定のポソゲンを含まない実験室マウス、野生のMusususマウス、および以前の野生の木材マウスアポデモシルバチカスsylvaticusを含む、さまざまなソースから収集された代表的な分類群からのドラフトゲノムのコレクションで構成されています。プロテオバクテリア、アクチノバクテリア、および12個の新規の非記載されている種レベルの分類群を含むバクテロイドェス。この研究からの重要な観察結果は、（i）実験室マウス経口微生物叢の低い多様性と主に培養可能な性質と、（ii）3つの主要なマウス特異的経口細菌系統、すなわちストレプトコッカスダニエリア（MOT10）、Lactobacillus murinus（Mot93）、およびGemellas 2の識別です。まだ名前のない分類群。これらのうち、S。danieliaeは特に興味深いものです。これは、野生マウスに存在するだけでなく、健康的および歯周病の臨床マウスのすべての株からの口腔微生物叢の主要な成分であるためです。このよく特徴付けられたデータベースは、口腔微生物学の分野でのin vitro実験およびマウスモデル研究のための有用なリソースであるべきであると予想されます。特に、歯周炎や虫歯などの疾患、およびその他の関連する全身性疾患などの疾患を調査するために、口腔微生物叢研究で頻繁に使用されます。ここでは、実験室といくつかの野生マウスの口腔微生物群集を特徴付けるために、キュレーションされた参照データベースの開発の詳細を報告しました。ここで報告されているゲノム情報と調査結果は、マウスモデルを使用して健康と病気を理解する宿主ミクローブ実験研究の結果と精度を改善するのに役立ちます。また、世界中の研究者向けに簡単にアクセスしてダウンロードできるように、Webサーバーで参照データセットを公開できるようにする作業も進行中です。

A curated murine oral microbiome database to be used as a reference for mouse-based studies has been constructed using a combination of bacterial culture, 16S rRNA gene amplicon, and whole-genome sequencing. The database comprises a collection of nearly full-length 16S rRNA gene sequences from cultured isolates and draft genomes from representative taxa collected from a range of sources, including specific-pathogen-free laboratory mice, wild Mus musculus domesticus mice, and formerly wild wood mouse Apodemus sylvaticus At present, it comprises 103 mouse oral taxa (MOT) spanning four phyla-Firmicutes, Proteobacteria, Actinobacteria, and Bacteroidetes-including 12 novel undescribed species-level taxa. The key observations from this study are (i) the low diversity and predominantly culturable nature of the laboratory mouse oral microbiome and (ii) the identification of three major murine-specific oral bacterial lineages, namely, Streptococcus danieliae (MOT10), Lactobacillus murinus (MOT93), and Gemella species 2 (MOT43), which is one of the novel, still-unnamed taxa. Of these, S. danieliae is of particular interest, since it is a major component of the oral microbiome from all strains of healthy and periodontally diseased laboratory mice, as well as being present in wild mice. It is expected that this well-characterized database should be a useful resource for in vitro experimentation and mouse model studies in the field of oral microbiology.IMPORTANCE Mouse model studies are frequently used in oral microbiome research, particularly to investigate diseases such as periodontitis and caries, as well as other related systemic diseases. We have reported here the details of the development of a curated reference database to characterize the oral microbial community in laboratory and some wild mice. The genomic information and findings reported here can help improve the outcomes and accuracy of host-microbe experimental studies that use murine models to understand health and disease. Work is also under way to make the reference data sets publicly available on a web server to enable easy access and downloading for researchers across the world.