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細胞TRNAの存在量の測定は、修飾されたヌクレオシドでのcDNA合成への広範なブロックとTRNA遺伝子間の広範な類似性によって妨げられます。これらの制限を、修正誘起誤った誤った誤った誤った整理tRNAシーケンス（MIM-TRNASEQ）で克服します。これは、内因性修飾TRNAからのフルレングスcDNAライブラリ構造のワークフローと、包括的かつ使いやすい計算分析ツールキットと組み合わせています。私たちの方法は、酵母、ハエ、およびヒト細胞のtRNAの存在量と修飾状態を正確に捉え、既知のゲノムを持つ生物に適用できます。Mim-Trnaseqを適用して、多様なヒト細胞株の間のtRNA等脱葉プールの劇的な不均一性と、同じtRNA転写産物内の異なる部位での驚くべき相互依存性を発見しました。
細胞TRNAの存在量の測定は、修飾されたヌクレオシドでのcDNA合成への広範なブロックとTRNA遺伝子間の広範な類似性によって妨げられます。これらの制限を、修正誘起誤った誤った誤った誤った整理tRNAシーケンス（MIM-TRNASEQ）で克服します。これは、内因性修飾TRNAからのフルレングスcDNAライブラリ構造のワークフローと、包括的かつ使いやすい計算分析ツールキットと組み合わせています。私たちの方法は、酵母、ハエ、およびヒト細胞のtRNAの存在量と修飾状態を正確に捉え、既知のゲノムを持つ生物に適用できます。Mim-Trnaseqを適用して、多様なヒト細胞株の間のtRNA等脱葉プールの劇的な不均一性と、同じtRNA転写産物内の異なる部位での驚くべき相互依存性を発見しました。
Measurements of cellular tRNA abundance are hampered by pervasive blocks to cDNA synthesis at modified nucleosides and the extensive similarity among tRNA genes. We overcome these limitations with modification-induced misincorporation tRNA sequencing (mim-tRNAseq), which combines a workflow for full-length cDNA library construction from endogenously modified tRNA with a comprehensive and user-friendly computational analysis toolkit. Our method accurately captures tRNA abundance and modification status in yeast, fly, and human cells and is applicable to any organism with a known genome. We applied mim-tRNAseq to discover a dramatic heterogeneity of tRNA isodecoder pools among diverse human cell lines and a surprising interdependence of modifications at distinct sites within the same tRNA transcript.
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