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背景：酵素的に不活性なCas9（DCAS9）またはCas9 Nickase（NCAS9）のいずれかに対するエフェクタードメインをタグ付けすることを介したCRISPRツールボックスの迅速な拡張により、いくつかの有望な新しい遺伝子編集戦略が生まれました。最近の追加には、CRISPRシトシンまたはアデニン塩基エディター（CBESおよびABES）とCRISPRプライムエディター（PES）が含まれます。ここでは、それぞれNCAS9にデアミナーゼまたは逆転写酵素が融合されます。これらのツールは、動物モデルや植物モデルの病気を引き起こす突然変異をモデル化し、修正するという非常に有望です。しかし、これまでのところ、BE試薬とPE試薬の両方の設計を自動化するための広く利用可能なツールは存在しません。 結果：PESのPEGRNAの設計用のWebベースのアプリケーションであるPNB Designerを開発し、BES用のRNAをガイドしました。PNBデザイナーにより、複数の王国にまたがる生物のバリアントまたは参照ゲノムの単一または複数のターゲット用のGuide Guide RNAを簡単に設計できます。PNBデザイナーを使用すると、PEGRNAを設計して、Clinvarで利用可能な突然変異を引き起こすすべての既知の疾患をモデル化しました。さらに、PNBデザイナーを使用して、Guide RNAを設計してSNVをインストールまたは元に戻し、1つのCBEと7つの異なるABEパムバリアントでゲノムをスキャンし、使用する最適なBEを返すことができます。PNBデザイナーはhttp://fgcz-shiny.uzh.ch.ch/pnbdesigner/結論で公開されています：PNBデザイナーと一緒に、CRISPR PEのユーザーフレンドリーなデザインツールを作成し、編集戦略の選択とデザインの複雑さを回避することを簡素化する必要があります。。
背景：酵素的に不活性なCas9（DCAS9）またはCas9 Nickase（NCAS9）のいずれかに対するエフェクタードメインをタグ付けすることを介したCRISPRツールボックスの迅速な拡張により、いくつかの有望な新しい遺伝子編集戦略が生まれました。最近の追加には、CRISPRシトシンまたはアデニン塩基エディター（CBESおよびABES）とCRISPRプライムエディター（PES）が含まれます。ここでは、それぞれNCAS9にデアミナーゼまたは逆転写酵素が融合されます。これらのツールは、動物モデルや植物モデルの病気を引き起こす突然変異をモデル化し、修正するという非常に有望です。しかし、これまでのところ、BE試薬とPE試薬の両方の設計を自動化するための広く利用可能なツールは存在しません。 結果：PESのPEGRNAの設計用のWebベースのアプリケーションであるPNB Designerを開発し、BES用のRNAをガイドしました。PNBデザイナーにより、複数の王国にまたがる生物のバリアントまたは参照ゲノムの単一または複数のターゲット用のGuide Guide RNAを簡単に設計できます。PNBデザイナーを使用すると、PEGRNAを設計して、Clinvarで利用可能な突然変異を引き起こすすべての既知の疾患をモデル化しました。さらに、PNBデザイナーを使用して、Guide RNAを設計してSNVをインストールまたは元に戻し、1つのCBEと7つの異なるABEパムバリアントでゲノムをスキャンし、使用する最適なBEを返すことができます。PNBデザイナーはhttp://fgcz-shiny.uzh.ch.ch/pnbdesigner/結論で公開されています：PNBデザイナーと一緒に、CRISPR PEのユーザーフレンドリーなデザインツールを作成し、編集戦略の選択とデザインの複雑さを回避することを簡素化する必要があります。。
BACKGROUND: The rapid expansion of the CRISPR toolbox through tagging effector domains to either enzymatically inactive Cas9 (dCas9) or Cas9 nickase (nCas9) has led to several promising new gene editing strategies. Recent additions include CRISPR cytosine or adenine base editors (CBEs and ABEs) and the CRISPR prime editors (PEs), in which a deaminase or reverse transcriptase are fused to nCas9, respectively. These tools hold great promise to model and correct disease-causing mutations in animal and plant models. But so far, no widely-available tools exist to automate the design of both BE and PE reagents. RESULTS: We developed PnB Designer, a web-based application for the design of pegRNAs for PEs and guide RNAs for BEs. PnB Designer makes it easy to design targeting guide RNAs for single or multiple targets on a variant or reference genome from organisms spanning multiple kingdoms. With PnB Designer, we designed pegRNAs to model all known disease causing mutations available in ClinVar. Additionally, PnB Designer can be used to design guide RNAs to install or revert a SNV, scanning the genome with one CBE and seven different ABE PAM variants and returning the best BE to use. PnB Designer is publicly accessible at http://fgcz-shiny.uzh.ch/PnBDesigner/ CONCLUSION: With PnB Designer we created a user-friendly design tool for CRISPR PE and BE reagents, which should simplify choosing editing strategy and avoiding design complications.
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