東アフリカ人の HLA 遺伝子多型の分析により、スーダンの 2 つのセム族集団における遺伝子流動の証拠が明らかになった

北東アフリカの国であるスーダンは、近隣諸国からの継続的な移住によって影響を受けると考えられている高レベルの文化的、言語的、および遺伝的多様性によって特徴付けられています。このような人口統計上の効果と一致して、ゲノム全体のSNPデータは、主に西アジアからのスーダンのアフロアジア語講演グループと非アフリカ人集団の間で祖先の成分を共有することを明らかにしました。このコンポーネントはすべてのアフロアジア語の話すグループ間で共有されていますが、スーダンアラブなどのセム語グループでのこの共有の範囲はまだ不明です。6つの多型ヒト白血球抗原（HLA）遺伝子（すなわち、HLA -A、-C、-B、-DRB1、-DQB1、および-DPB1）の遺伝子型を使用して、8つの東アフリカ民族グループの遺伝的構造を調べ、起源を持つ8つの東アフリカ民族グループの遺伝的構造を調べました。スーダン、南スーダン、エチオピア。主成分分析を使用して有益なHLA対立遺伝子を特定しました。これは、この研究では、2つのSemiticグループ（GaalienとShokrya）が他のアフロアジア語講演グループとは異なるクラスターを構成していることを明らかにしました。同じ拡張されたHLAハプロタイプと共存している半分のアラブ人を区別するHLA対立遺伝子と、それらの対立遺伝子は強い結合の不均衡にあります。興味深いことに、4焦点のハプロタイプ「C*12：02-B*52：01-DRB1*15：02-DQB1*06：01」が非アフリカの個体群のみを見つけ、アジア全体に広く広がっています。このハプロタイプの同定は、アジアからの遺伝子の流れを示唆しており、おそらくこれらのハプロタイプは近東からの逆移行を通じてアフリカにもたらされた可能性があります。これらの発見は、北東アフリカの人口統計学的歴史を調べる生物医学的および人類学的研究にとって興味深いものになるでしょう。

Sudan, a northeastern African country, is characterized by high levels of cultural, linguistic, and genetic diversity, which is believed to be affected by continuous migration from neighboring countries. Consistent with such demographic effect, genome-wide SNP data revealed a shared ancestral component among Sudanese Afro-Asiatic speaking groups and non-African populations, mainly from West Asia. Although this component is shared among all Afro-Asiatic speaking groups, the extent of this sharing in Semitic groups, such as Sudanese Arab, is still unknown. Using genotypes of six polymorphic human leukocyte antigen (HLA) genes (i.e., HLA-A, -C, -B, -DRB1, -DQB1, and -DPB1), we examined the genetic structure of eight East African ethnic groups with origins in Sudan, South Sudan, and Ethiopia. We identified informative HLA alleles using principal component analysis, which revealed that the two Semitic groups (Gaalien and Shokrya) constituted a distinct cluster from the other Afro-Asiatic speaking groups in this study. The HLA alleles that distinguished Semitic Arabs co-exist in the same extended HLA haplotype, and those alleles are in strong linkage disequilibrium. Interestingly, we find the four-locus haplotype "C*12:02-B*52:01-DRB1*15:02-DQB1*06:01" exclusively in non-African populations and it is widely spread across Asia. The identification of this haplotype suggests a gene flow from Asia, and likely these haplotypes were brought to Africa through back migration from the Near East. These findings will be of interest to biomedical and anthropological studies that examine the demographic history of northeast Africa.