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Comparative biochemistry and physiology. Part D, Genomics & proteomics2021Sep01Vol.39issue()

集団ゲノム分析を通じて、日本のマンティスエビ(オラトスキーラオラトリア)における熱適応のための推定重要な遺伝子の同定

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文献タイプ:
  • Journal Article
  • Research Support, Non-U.S. Gov't
概要
Abstract

遺伝的変異とオラトスキーラオラトリア集団の異なる生息地温度への適応との関係の根底にあるメカニズムについてはほとんど知られていない。ここでは、3つのO. oratoria集団のゲノム全体の遺伝情報がIIB制限部位関連DNA(2B-RAD)シーケンスによって得られ、2403個の単一ヌクレオチド多型(SNP)が同定されました。2403 SNPに基づいて、黄色の海と東シナ海グループのO. oratoriaグループの間に顕著な遺伝的分化が見つかりました。さらに、63のSNPは、異なる海温に関連していると考えられています。63のSNPに基づいて、長期の温度差は、物質代謝、細胞骨格、細胞プロセス、炎症反応、ホルモン調節などの複数の生物学的機能に関連する遺伝子の変動に寄与する可能性があると仮定されています。この研究は、遺伝的変異とオラトスキーラオラトリア集団の異なる温度への適応の関係の根底にある分子メカニズムを解明するための新しい情報を提供します。

遺伝的変異とオラトスキーラオラトリア集団の異なる生息地温度への適応との関係の根底にあるメカニズムについてはほとんど知られていない。ここでは、3つのO. oratoria集団のゲノム全体の遺伝情報がIIB制限部位関連DNA(2B-RAD)シーケンスによって得られ、2403個の単一ヌクレオチド多型(SNP)が同定されました。2403 SNPに基づいて、黄色の海と東シナ海グループのO. oratoriaグループの間に顕著な遺伝的分化が見つかりました。さらに、63のSNPは、異なる海温に関連していると考えられています。63のSNPに基づいて、長期の温度差は、物質代謝、細胞骨格、細胞プロセス、炎症反応、ホルモン調節などの複数の生物学的機能に関連する遺伝子の変動に寄与する可能性があると仮定されています。この研究は、遺伝的変異とオラトスキーラオラトリア集団の異なる温度への適応の関係の根底にある分子メカニズムを解明するための新しい情報を提供します。

Little is known about the mechanisms underlying the relationship between genetic variation and the adaptation of Oratosquilla oratoria populations to different habitat temperature. Here, the genome-wide genetic information of three O. oratoria populations were obtained by IIB restriction site-associated DNA (2b-RAD) sequencing and 2403 single-nucleotide polymorphisms (SNPs) were identified. Based on the 2403 SNPs, we found a remarkable genetic differentiation between the Yellow Sea and the East China Sea groups of O. oratoria. Furthermore, 63 SNPs are thought to be associated with different sea temperatures. Based on the 63 SNPs, it is hypothesised that the long-term temperature differences may contribute to the variation of genes associated with multiple biological functions, such as material metabolism, cytoskeleton, cellular processes, inflammatory response and hormonal regulation. This study provides new information for elucidating the molecular mechanisms underlying the relationship between genetic variation and the adaptation of Oratosquilla oratoria populations to different temperature.

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