ハプロタイプエクスプローラー：Covid-19パンデミックの時空間的解剖のための感染クラスター視覚化ツール

2019年後半に中国のウハンで始まったコロナウイルス疾患2019（Covid-19）の世界的な噴火は、2020年6月下旬までに1,000万件に達しました。ハプロタイプネットワークを使用した収集されたウイルスゲノム配列間の系統発生関係。ただし、現在利用可能なネットワーク視覚化のために利用可能なアプリケーションは、ハプロタイプネットワークを視覚化および探索するための直感的なツールであるハプロタイプエクスプローラーを開発する動機付けの機能的な制限のために、Covid-19の流行を時空間的に理解するのに適していません。ハプロタイプエクスプローラーは、インタラクティブノードフィルターを介して疫学的結果を分析することを可能にし、感染性疾患のダイナミクスに関する視点を提供します。ここでは、特徴と視覚化の例を示すことにより、ハプロタイプエクスプローラーの有効性を示します。重度の急性呼吸症候群コロナウイルス2（SARS-COV-2）ゲノムを使用したデモは、https：//github.com/tksjp/haplopeexplorer/blob/master/example/で入手できます。SARS-COV-2ゲノムとデング熱ウイルス血清型1 E遺伝子配列を使用したいくつかの例があります。

The worldwide eruption of coronavirus disease 2019 (COVID-19) that began in Wuhan, China in late 2019 reached 10 million cases by late June 2020. In order to understand the epidemiological landscape of the COVID-19 pandemic, many studies have attempted to elucidate phylogenetic relationships between collected viral genome sequences using haplotype networks. However, currently available applications for network visualization are not suited to understand the COVID-19 epidemic spatiotemporally due to functional limitations that motivated us to develop Haplotype Explorer, an intuitive tool for visualizing and exploring haplotype networks. Haplotype Explorer enables to dissect epidemiological consequences via interactive node filters and provides the perspective on infectious disease dynamics depend on regions and time, such as introduction, outbreak, expansion, and containment. Here, we demonstrate the effectiveness of Haplotype Explorer by showing features and an example of visualization. The demo using severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) genomes are available at https://github.com/TKSjp/HaplotypeExplorer/blob/master/Example/. There are several examples using SARS-CoV-2 genomes and Dengue virus serotype 1 E-genes sequence.