ブラジルの病院で分離された多剤耐性（MDR）Klebsiella variicola株は新しいクローンに属します

Klebsiella variicolaは主に日和見感染症に関連しており、頻繁に肺炎を頻繁に同定しています。この誤認は、いくつかの重度の感染症の病因としてのK.肺炎への誤った疫学の結果と誤った帰属を意味します。最近、K。バリコラを研究するために多大な努力が払われていますが、この種の生物学的側面はまだ不明です。ここでは、Vitek-2システムと16S RRNAシーケンスを備えたK. pneumoniaeとして最初に特定された5つのK. variicola株を特徴づけました。ワンステップマルチプレックスポリメラーゼ連鎖反応と全ゲノムシーケンス（WGS）は、それらをK. variicolaと特定しました。さらに、WGS分析により、すべての株がK. variicolaゲノムと密接に関連していることが示され、K。pneumoniaeとK. quasipneumoniaeを除き、クラスター化されたグループを形成しました。多焦点シーケンスタイピング分析では、株の間で4つの異なるシーケンスタイプ（ST）が示され、そのうちの2つ（KV97とKV104）に同じSTが割り当てられました。すべての株は多剤耐性（MDR）であり、3つは上皮細胞への浸潤能力、およびヒトの血液および血清の生存を含む毒性表現型を示しました。これらの結果は、異なる組織に定着して感染を引き起こす病原性の可能性を持つ新しいK. variicolaクローンの出現を示しました。MDR株に関連するこれらの特性は、人間の健康に大きな懸念をもたらします。

Klebsiella variicola is mainly associated with opportunistic infections and frequently identified as Klebsiella pneumoniae. This misidentification implies a wrong epidemiology result as well as incorrect attribution to K. pneumoniae as the etiology of some severe infections. Recently, huge efforts have been made to study K. variicola, however, the biological aspects of this species are still unclear. Here we characterized five K. variicola strains initially identified as K. pneumoniae, with a Vitek-2 System and 16S rRNA sequencing. One-step multiplex polymerase chain reaction and Whole Genome Sequencing (WGS) identified them as K. variicola. Additionally, WGS analysis showed that all the strains are closely related with K. variicola genomes, forming a clustered group, apart from K. pneumoniae and K. quasipneumoniae. Multilocus sequence typing analysis showed four different sequence types (STs) among the strains and for two of them (Kv97 and Kv104) the same ST was assigned. All strains were multidrug-resistant (MDR) and three showed virulence phenotypes including invasion capacity to epithelial cells, and survival in human blood and serum. These results showed the emergence of new K. variicola clones with pathogenic potential to colonize and cause infection in different tissues. These characteristics associated with MDR strains raise great concern for human health.