並列反応モニタリング（PRM）を使用した標的タンパク質の定量化

ターゲットプロテオミクスは、高い感度と精度で目的のタンパク質を定量化する効率的な方法を表しています。ターゲットアプローチは最初にトリプル四重極機器に対して確立されましたが、MS/MSフラグメントイオンの高解像度と精度の測定を可能にするハイブリッド機器の出現により、並列反応モニタリング（PRM）の開発が可能になりました。PRM分析では、特定のペプチドが複雑なサンプルのタンパク質の代表として測定され、完全な生成物イオンスペクトルが獲得され、ペプチドの識別と定量化が可能になります。理想的には、対応する安定した同位体標識ペプチドが分析されたサンプルにスパイクされ、技術的なばらつきが説明され、精度が向上します。ここでは、標的タンパク質のユニークな代理人として機能する基準を満たす適切なペプチドの選択を含むPRMアッセイの開発について説明します。メソッド開発の順次ステップとキャリブレーション曲線の生成を示します。さらに、線形濃度範囲と定量化の制限（LOQ）を決定するために、オープンアクセスツールの校正を提示します。

Targeted proteomics represents an efficient method to quantify proteins of interest with high sensitivity and accuracy. Targeted approaches were first established for triple quadrupole instruments, but the emergence of hybrid instruments allowing for high-resolution and accurate-mass measurements of MS/MS fragment ions enabled the development of parallel reaction monitoring (PRM). In PRM analysis, specific peptides are measured as representatives of proteins in complex samples, with the full product ion spectra being acquired, allowing for identification and quantification of the peptides. Ideally, corresponding stable isotope-labeled peptides are spiked into the analyzed samples to account for technical variation and enhance the precision. Here, we describe the development of a PRM assay including the selection of appropriate peptides that fulfill the criteria to serve as unique surrogates of the targeted proteins. We depict the sequential steps of method development and the generation of calibration curves. Furthermore, we present the open-access tool CalibraCurve for the determination of the linear concentration ranges and limits of quantification (LOQ).