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豚肝炎（豚HE）は、豚肝炎ウイルス（ブタHEV）によって引き起こされる新しいタイプの人獣共通感染症です。オープンリーディングフレーム3（ORF3）は、豚HEVの重要な毒性タンパク質ですが、その機能は主に不明です。この研究では、HEPG2細胞でそれぞれ増強された緑色蛍光タンパク質（EGFP）-ORF3およびEGFPの過剰発現を成功裏に媒介するアデノウイルスADV4-ORF3およびADV4ネガティブコントロール（ADV4-NC）を生成しました。ハイスループットシーケンスを使用して、差次的に発現した長い非コードRNA（lncrNA）およびメッセンジャーRNA（mRNA）のスクリーニングをスクリーニングしました。LNCRNAのCISターゲット遺伝子が予測され、機能的濃縮（遺伝子オントロジー[GO]および遺伝子とゲノムの京都百科事典[KEGG]）が実施され、統計的に有意な異なる式（P≤0.05およびQ≤1）を持つ12 lNCRNAが実施されました。さらに定量的なリアルタイム逆転写（QRT-PCR）検証のために選択されます。HEPG2細胞では、62の有意に異なる発現遺伝子（degs）（6,564の転写産物）および319のlncrNas（124の既知のlncrnasおよび195の新規lncrnas）を特定しました。幹細胞の多能性調節、ペルオキシソーム増殖因子活性化受容体（PPAR）シグナル伝達経路、およびプラチナ薬物耐性経路。CISターゲット遺伝子予測により、候補MRNAに対応する45のLNCRNAが同定され、そのうち8つはQRT-PCR（2つの転写産物）、RAP2C-AS1、AC016526、AL139099、およびZNF337-AS1（3つの転写物）によって検証されました。我々の結果は、ORF3の影響を受けた宿主細胞のLnCRNAプロファイル、ブタHEV ORF3がペントースとグルクロン酸相互変換に影響を与え、胆汁分泌に影響を与えることにより閉塞性黄undの形成を媒介する可能性があることを明らかにしました。豚の治療。
豚肝炎（豚HE）は、豚肝炎ウイルス（ブタHEV）によって引き起こされる新しいタイプの人獣共通感染症です。オープンリーディングフレーム3（ORF3）は、豚HEVの重要な毒性タンパク質ですが、その機能は主に不明です。この研究では、HEPG2細胞でそれぞれ増強された緑色蛍光タンパク質（EGFP）-ORF3およびEGFPの過剰発現を成功裏に媒介するアデノウイルスADV4-ORF3およびADV4ネガティブコントロール（ADV4-NC）を生成しました。ハイスループットシーケンスを使用して、差次的に発現した長い非コードRNA（lncrNA）およびメッセンジャーRNA（mRNA）のスクリーニングをスクリーニングしました。LNCRNAのCISターゲット遺伝子が予測され、機能的濃縮（遺伝子オントロジー[GO]および遺伝子とゲノムの京都百科事典[KEGG]）が実施され、統計的に有意な異なる式（P≤0.05およびQ≤1）を持つ12 lNCRNAが実施されました。さらに定量的なリアルタイム逆転写（QRT-PCR）検証のために選択されます。HEPG2細胞では、62の有意に異なる発現遺伝子（degs）（6,564の転写産物）および319のlncrNas（124の既知のlncrnasおよび195の新規lncrnas）を特定しました。幹細胞の多能性調節、ペルオキシソーム増殖因子活性化受容体（PPAR）シグナル伝達経路、およびプラチナ薬物耐性経路。CISターゲット遺伝子予測により、候補MRNAに対応する45のLNCRNAが同定され、そのうち8つはQRT-PCR（2つの転写産物）、RAP2C-AS1、AC016526、AL139099、およびZNF337-AS1（3つの転写物）によって検証されました。我々の結果は、ORF3の影響を受けた宿主細胞のLnCRNAプロファイル、ブタHEV ORF3がペントースとグルクロン酸相互変換に影響を与え、胆汁分泌に影響を与えることにより閉塞性黄undの形成を媒介する可能性があることを明らかにしました。豚の治療。
Swine hepatitis E (swine HE) is a new type of zoonotic infectious disease caused by the swine hepatitis E virus (swine HEV). Open reading frame 3 (ORF3) is an important virulent protein of swine HEV, but its function still is mainly unclear. In this study, we generated adenoviruses ADV4-ORF3 and ADV4 negative control (ADV4-NC), which successfully mediated overexpression of enhanced green fluorescent protein (EGFP)-ORF3 and EGFP, respectively, in HepG2 cells. High-throughput sequencing was used to screen for differentially expressed long non-coding RNAs (lncRNAs) and messenger RNAs (mRNAs). The cis-target genes of lncRNAs were predicted, functional enrichment (Gene Ontology [GO] and Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes [KEGG]) was performed, and 12 lncRNAs with statistically significant different expressions (p ≤ 0.05 and q ≤ 1) were selected for further quantitative real-time reverse transcription (qRT-PCR) validation. In HepG2 cells, we identified 62 significantly differentially expressed genes (DEGs) (6,564 transcripts) and 319 lncRNAs (124 known lncRNAs and 195 novel lncRNAs) that were affected by ORF3, which were involved in systemic lupus erythematosus, Staphylococcus aureus infection, signaling pathways pluripotency regulation of stem cells, the peroxisome proliferator-activated receptor (PPAR) signaling pathway, and platinum drug resistance pathways. Cis-target gene prediction identified 45 lncRNAs corresponding to candidate mRNAs, among which eight were validated by qRT-PCR: LINC02476 (two transcripts), RAP2C-AS1, AC016526, AL139099, and ZNF337-AS1 (3 transcripts). Our results revealed that the lncRNA profile in host cells affected by ORF3, swine HEV ORF3, might affect the pentose and glucuronate interconversions and mediate the formation of obstructive jaundice by influencing bile secretion, which will help to determine the function of ORF3 and the infection mechanism and treatment of swine HE.
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