CNVXPlorer：まれな疾患患者におけるCNVの臨床解釈を支援するWebツール

コピー数のバリアント（CNV）は、まれな疾患の重要な原因です。アレイベースの比較ゲノムハイブリダイゼーションテストでは、診断率が約12％になり、患者の約8％がCNVを不明な有意性を示しています。CNVSの解釈は、以前に報告された構造変異体または疾患関連遺伝子と重複するもの以外のゲノム領域で特に困難です。最近の研究では、CNV機能のより包括的な評価が、コーディングと非コードの両方の影響を活用することで、診断率を大幅に改善できることが示されました。ただし、現在利用可能なCNV解釈ツールは、ほとんどが遺伝子中心であるか、臨床診療で評価するのが難しい非対話的注釈のみを提供します。ここでは、臨床診断環境でのCNVの機能的評価に適したWebサーバーであるCNVXPlorerを提示します。CNVXPlorerは、CNVに関連する臨床、ゲノム、エピゲノムの特徴の包括的なセットを採掘します。シーケンス制約メトリック、調節要素への影響とトポロジー的に関連するドメイン、および発現パターンを提供します。分析では、患者の表現型とのカバー（a）契約を提供しました。（b）遺伝子、調節要素、転写因子間の関連性の視覚化。（c）機能および経路の注釈の濃縮および（d）クエリCNVに関連するPubMed Publications全体での用語の共起。柔軟な評価ワークフローにより、臨床セッションで動的な再測定が可能になります。CNVXPlorerは、http：//cnvxplorer.comで公開されています。

Copy Number Variants (CNVs) are an important cause of rare diseases. Array-based Comparative Genomic Hybridization tests yield a ∼12% diagnostic rate, with ∼8% of patients presenting CNVs of unknown significance. CNVs interpretation is particularly challenging on genomic regions outside of those overlapping with previously reported structural variants or disease-associated genes. Recent studies showed that a more comprehensive evaluation of CNV features, leveraging both coding and non-coding impacts, can significantly improve diagnostic rates. However, currently available CNV interpretation tools are mostly gene-centric or provide only non-interactive annotations difficult to assess in the clinical practice. Here, we present CNVxplorer, a web server suited for the functional assessment of CNVs in a clinical diagnostic setting. CNVxplorer mines a comprehensive set of clinical, genomic, and epigenomic features associated with CNVs. It provides sequence constraint metrics, impact on regulatory elements and topologically associating domains, as well as expression patterns. Analyses offered cover (a) agreement with patient phenotypes; (b) visualizations of associations among genes, regulatory elements and transcription factors; (c) enrichment on functional and pathway annotations and (d) co-occurrence of terms across PubMed publications related to the query CNVs. A flexible evaluation workflow allows dynamic re-interrogation in clinical sessions. CNVxplorer is publicly available at http://cnvxplorer.com.