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背景:特にナイジェリアでは、マラリアは依然として公衆衛生の負担です。新しいマラリア制御と排除戦略を開発したり、既存の戦略を改良したりするには、寄生虫集団の多様性と伝播パターンを理解することが重要です。 方法:この研究では、ナイジェリアの633個の乾燥血液スポットサンプルからの母by病の分離株の寄生虫の多様性と構造の特性評価は、熱帯熱マイクロの12マイクロサテライト遺伝子座を使用して実施されました。これらのマイクロサテライト遺伝子座は、半ネストポリメラーゼ連鎖反応(PCR)を介して増幅され、断片は集団遺伝子ツールを使用して分析されました。 結果:平均数の異なる対立遺伝子(13.52)、有効な対立遺伝子(7.13)、対立遺伝子の豊かさ(11.15)、および予想されるヘテロ接合(0.804)などの寄生虫遺伝的多様性の推定値が高かった。全体的な結合の不均衡は弱かった(0.006、p <0.001)。寄生虫の個体群構造は低かった(FST:0.008-0.105、AMOVA:0.039)。 結論:この研究における高レベルの寄生虫の遺伝的多様性と人口の構造が低いことは、ナイジェリアで循環する寄生虫集団が均質であることを示唆しています。ただし、24のSNPバーコードや全ゲノムシーケンスなどの高解像度の方法は、国内でより特定の寄生虫の遺伝的署名を捕捉する可能性があります。得られた結果は、ナイジェリアの適切な治療および制御戦略の定式化を支援し、寄生虫の遺伝的多様性と構造のベースラインとして使用できます。
背景:特にナイジェリアでは、マラリアは依然として公衆衛生の負担です。新しいマラリア制御と排除戦略を開発したり、既存の戦略を改良したりするには、寄生虫集団の多様性と伝播パターンを理解することが重要です。 方法:この研究では、ナイジェリアの633個の乾燥血液スポットサンプルからの母by病の分離株の寄生虫の多様性と構造の特性評価は、熱帯熱マイクロの12マイクロサテライト遺伝子座を使用して実施されました。これらのマイクロサテライト遺伝子座は、半ネストポリメラーゼ連鎖反応(PCR)を介して増幅され、断片は集団遺伝子ツールを使用して分析されました。 結果:平均数の異なる対立遺伝子(13.52)、有効な対立遺伝子(7.13)、対立遺伝子の豊かさ(11.15)、および予想されるヘテロ接合(0.804)などの寄生虫遺伝的多様性の推定値が高かった。全体的な結合の不均衡は弱かった(0.006、p <0.001)。寄生虫の個体群構造は低かった(FST:0.008-0.105、AMOVA:0.039)。 結論:この研究における高レベルの寄生虫の遺伝的多様性と人口の構造が低いことは、ナイジェリアで循環する寄生虫集団が均質であることを示唆しています。ただし、24のSNPバーコードや全ゲノムシーケンスなどの高解像度の方法は、国内でより特定の寄生虫の遺伝的署名を捕捉する可能性があります。得られた結果は、ナイジェリアの適切な治療および制御戦略の定式化を支援し、寄生虫の遺伝的多様性と構造のベースラインとして使用できます。
BACKGROUND: Malaria remains a public health burden especially in Nigeria. To develop new malaria control and elimination strategies or refine existing ones, understanding parasite population diversity and transmission patterns is crucial. METHODS: In this study, characterization of the parasite diversity and structure of Plasmodium falciparum isolates from 633 dried blood spot samples in Nigeria was carried out using 12 microsatellite loci of P. falciparum. These microsatellite loci were amplified via semi-nested polymerase chain reaction (PCR) and fragments were analysed using population genetic tools. RESULTS: Estimates of parasite genetic diversity, such as mean number of different alleles (13.52), effective alleles (7.13), allelic richness (11.15) and expected heterozygosity (0.804), were high. Overall linkage disequilibrium was weak (0.006, P < 0.001). Parasite population structure was low (Fst: 0.008-0.105, AMOVA: 0.039). CONCLUSION: The high level of parasite genetic diversity and low population structuring in this study suggests that parasite populations circulating in Nigeria are homogenous. However, higher resolution methods, such as the 24 SNP barcode and whole genome sequencing, may capture more specific parasite genetic signatures circulating in the country. The results obtained can be used as a baseline for parasite genetic diversity and structure, aiding in the formulation of appropriate therapeutic and control strategies in Nigeria.
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