サウジアラック病患者のHLAリスク対立遺伝子ジェノタイピングのためのtagsnpアプローチ：有効性と落とし穴

背景：セリアック病（CD）は、食事のグルテンによって引き起こされる遺伝的に複雑な自己免疫疾患です。ヒト白血球抗原（HLA）クラスII遺伝子は、CD患者の95％以上がCDの高リスクマーカーとして作用することが知られています（HLA）、DQ2、および/またはDQ8対立遺伝子。したがって、本研究は、タグ単一ヌクレオチド多型（SNP）を使用して、サウジアラビアCD患者と健康なコントロールにおけるHLAハプロタイプの分布を調査するために実施されました。 方法：強力なリンケージ値（R2> 0.99）を示すHLA-TAG SNPを使用して、リアルタイムポリメラーゼ連鎖反応技術を使用して、101人のサウジCD患者および103人の健康なコントロールでHLA DQ2およびDQ8遺伝子型を予測しました。遺伝子型呼び出しは、サンガーシーケンス法によってさらに検証されました。 結果：CDの症例の合計63.7％とコントロールの60.2％が、ホモ接合またはヘテロ接合状態のいずれかで、HLA-DQ2およびDQ8ヘテロダイマーを運ぶと予測されました。私たちのCD患者におけるDQ8の有病率は、他の民族集団の患者よりも高いと予測されていました（35.6％）。CD患者の32％以上が、TAG SNPで予測されているように、HLAリスクハプロタイプの非キャリアであることがわかりました。 結論：本研究は、白人グループと比較した場合、白人固有のHLA-TAG SNPは、サウジアラビアの集団におけるCD固有のHLAハプロタイプを正確に予測するために価値があることを強調しています。民族グループのタグSNPによるリスクハプロタイプの予測は、地元集団の遺伝的変異データベースからタグSNPが特定されている限り、良い代替アプローチです。

BACKGROUND: Celiac disease (CD) is a genetically complex autoimmune disease which is triggered by dietary gluten. Human leukocyte antigen (HLA) class II genes are known to act as high-risk markers for CD, where >95% of CD patients carry (HLA), DQ2 and/or DQ8 alleles. Therefore, the present study was conducted to investigate the distribution of HLA haplotypes among Saudi CD patients and healthy controls by using the tag single nucleotide polymorphisms (SNP). METHODS: HLA-tag SNPs showing strong linkage value (r2>0.99) were used to predict the HLA DQ2 and DQ8 genotypes in 101 Saudi CD patients and in 103 healthy controls by using real-time polymerase chain reaction technique. Genotype calls were further validated by Sanger sequencing method. RESULTS: A total of 63.7% of CD cases and of 60.2% of controls were predicted to carry HLA-DQ2 and DQ8 heterodimers, either in the homozygous or heterozygous states. The prevalence of DQ8 in our CD patients was predicted to be higher than the patients from other ethnic populations (35.6%). More than 32% of the CD patients were found to be non-carriers of HLA risk haplotypes as predicted by the tag SNPs. CONCLUSION: The present study highlights that the Caucasian specific HLA-tag SNPs would be of limited value to accurately predict CD specific HLA haplotypes in Saudi population, when compared with the Caucasian groups. Prediction of risk haplotypes by tag SNPs in ethnic groups is a good alternate approach as long as the tag SNPs were identified from the local population genetic variant databases.