histream-import：任意の患者データ収集を処理するための一般的なETLフレームワークまたはHL7 fhirバンドルへの病院情報システム

データ統合は、単一のデータコレクションを超えて、トランスレーショナルリサーチを実行し、サンプルサイズを改善するための必要かつ重要なステップです。健康情報については、最新の確立された通信基準はHL7 FHIRです。「最小限の侵略的」データ統合とオープン標準の概念を橋渡しするために、任意の患者関連データ収集をHL7 FHIRに処理するための一般的なETLフレームワークを提案します。提案されたアルゴリズムは、リレーショナル区切りテキストエクスポートを読み取り、標準のHL7 FHIRバンドルコレクションを作成できます。さまざまな肺研究レジストリを使用してアルゴリズムの実装を評価し、結果として得られたFHIRリソースを使用して、I2B2ベースのデータウェアハウスとOMOP共通データモデルリポジトリを埋めました。

Data integration is a necessary and important step to perform translational research and improve the sample size beyond single data collections. For health information, the most recent established communication standards is HL7 FHIR. To bridge the concepts of "minimal invasive" data integration and open standards, we propose a generic ETL framework to process arbitrary patient related data collections into HL7 FHIR - which in turn can then be used for loading into target data warehouses. The proposed algorithm is able to read any relational delimited text exports and produce a standard HL7 FHIR bundle collection. We evaluated an implementation of the algorithm using different lung research registries and used the resulting FHIR resources to fill our i2b2 based data warehouse as well an OMOP common data model repository.