襟付きフライキャッチャー（Ficedula albicollis）の大きな島の人口における現代の有効な人口サイズのゲノム推論

進化生物学と人口遺伝学の多くの側面にとって中心的な重要性により、多くの種と集団について長期的な有効集団サイズ（NE）が推定されています。ただし、現代のNEを推定することは困難であり、実際にはこのパラメーターはしばしば不明です。原則として、現代のNEは、対立遺伝子頻度の時間的変化のいずれかの分析、またはリンクされていないマーカー間の連鎖不平衡（LD）の程度を使用して推定できます。これらのアプローチを適用して、現代のNEを比較的最近設立された島の人口の襟付きフライキャッチャー（Ficedula albicollis）を推定しました。1993年と2015年にサンプリングされた85羽の鳥のゲノムを配列決定し、数千（4000-7000）でNEを推定するためにいくつかの時間的方法を適用しました。LDに基づくアプローチは、NE（20,000〜32,000）のより高い推定値を提供し、高い分散に関連しており、しばしば無限のNEをもたらしました。全ゲノムシーケンスデータは、高（> 1000）の現代NEを推定するための新しい可能性を提供すると結論付けていますが、特に現代のNE推定のためのLDベースの方法では、そのような推定値は困難なままであることにも注意してください。

Due to its central importance to many aspects of evolutionary biology and population genetics, the long-term effective population size (Ne ) has been estimated for numerous species and populations. However, estimating contemporary Ne is difficult and in practice this parameter is often unknown. In principle, contemporary Ne can be estimated using either analyses of temporal changes in allele frequencies, or the extent of linkage disequilibrium (LD) between unlinked markers. We applied these approaches to estimate contemporary Ne of a relatively recently founded island population of collared flycatchers (Ficedula albicollis). We sequenced the genomes of 85 birds sampled in 1993 and 2015, and applied several temporal methods to estimate Ne at a few thousand (4000-7000). The approach based on LD provided higher estimates of Ne (20,000-32,000) and was associated with high variance, often resulting in infinite Ne . We conclude that whole-genome sequencing data offers new possibilities to estimate high (>1000) contemporary Ne , but also note that such estimates remain challenging, in particular for LD-based methods for contemporary Ne estimation.