リアルタイムPCRによるlncrNA発現の測定

長い非コードRNAは、タンパク質コーディング電位のない200 ntを超える転写産物として定義されます。ほとんどのLNCRNAは組織固有の方法で発現し、いくつかを除いて、それらの絶対的な発現はほとんどのコーディング転写産物と比較して低くなります。鑑別発現研究は、私たちが知っているLNCRNAの機能的特性評価に最も貢献しています。LncrNA発現の敏感で特異的な定量化は、そのような研究にとって重要です。SYBRグリーン染料ベースのリアルタイム定量PCRは、定量的PCRのシンプルで手頃な価格の方法であり、二重鎖DNAアンプリコンへの色素の特異的結合は、PCR産物の量に比例して蛍光を放出します。ここでは、逆転写によるLNCRNA定量を成功させるための詳細なプロトコルについて説明します。

Long noncoding RNAs are defined as transcripts longer than 200 nt with no protein coding potential. Most lncRNAs are expressed in a tissue-specific manner and barring a few, their absolute expression is lower compared to most coding transcripts. Differential expression studies have contributed the most to the functional characterisation of the lncRNAs we know. Sensitive and specific quantification of lncRNA expression is crucial for such studies. SYBR Green dye based real time quantitative PCR is a simple and affordable method of quantitative PCR, wherein the specific binding of the dye to double stranded DNA amplicon emits fluorescence proportionate to the amount of PCR products. Here we describe a detailed protocol for successful lncRNA quantitation by reverse transcription followed by SYBR Green chemistry-based real-time PCR.