ヒトの糞便に由来する、好塩性細菌のゲノム分析、Lentibacillus SP CBA3610

背景：レンティバシルス種は、主に有順性環境に生息するグラム可動菌です。以前の報告では、この種に属する細菌は、主に塩辛い環境や食物から分離されていることが示されています。人間の糞便サンプルから、レンティバシルス属の新規種として特定された細菌株CBA3610を分離しました。このレポートでは、Lentibacillus sp。の全ゲノム配列。CBA3610が提示され、ゲノム分析が実行されます。 結果：CBA3610株の完全なゲノム配列は、Pacbio RSIIおよびIllumina hiseqプラットフォームを通じて得られました。ゲノムのサイズは4,035,571 bpであり、4714のコードDNA配列と推定された遺伝子と64 TRNAと17のrRNAが同定されました。系統解析により、それがlentibacillus属に属していることが確認されました。さらに、抗生物質耐性と病原性に関連する遺伝子があり、CRISPRと予言として予測される遺伝子も同定されました。浸透圧ストレスに関連する遺伝子は、塩性細菌の特性に従って発見されました。他のレンチバチルス種とのゲノムの違いも、比較ゲノム分析を通じて確認されました。 結論：CBA3610株は、同じ属の他の種との系統発生分析と比較ゲノム分析を通じて、レンティバシルスの新規候補種であると予測されています。この株には抗生物質耐性遺伝子と病原性遺伝子があります。将来、この株のいくつかのゲノム分析の結果から導き出された情報は、好塩性菌とヒト腸内微生物叢の関係を特定するのに役立つと考えられています。

BACKGROUND: Lentibacillus species are gram variable aerobic bacteria that live primarily in halophilic environments. Previous reports have shown that bacteria belonging to this species are primarily isolated from salty environments or food. We isolated a bacterial strain CBA3610, identified as a novel species of the genus Lentibacillus, from a human fecal sample. In this report, the whole genome sequence of Lentibacillus sp. CBA3610 is presented, and genomic analyses are performed. RESULTS: Complete genome sequence of strain CBA3610 was obtained through PacBio RSII and Illumina HiSeq platforms. The size of genome is 4,035,571 bp and genes estimated to be 4714 coding DNA sequences and 64 tRNA and 17 rRNA were identified. The phylogenetic analysis confirmed that it belongs to the genus Lentibacillus. In addition, there were genes related to antibiotic resistance and virulence, and genes predicted as CRISPR and prophage were also identified. Genes related to osmotic stress were found according to the characteristics of halophilic bacterium. Genomic differences from other Lentibacillus species were also confirmed through comparative genomic analysis. CONCLUSIONS: Strain CBA3610 is predicted to be a novel candidate species of Lentibacillus through phylogenetic analysis and comparative genomic analysis with other species in the same genus. This strain has antibiotic resistance gene and pathogenic genes. In future, the information derived from the results of several genomic analyses of this strain is thought to be helpful in identifying the relationship between halophilic bacteria and human gut microbiota.