Covid-19の時代の感染性疾患オントロジー

背景：Covid-19で現在経験しているように、公衆衛生の緊急事態に対する効果的な対応には、複数の分野とデータシステムにわたるデータ共有が必要です。オントロジーは強力なデータ共有ツールを提供します。これは、オープン生物医学オントロジーファウンドリの設計原則に基づいて構築されたオントロジーにとって特に当てはまります。これらの原則は、感染性疾患領域のあらゆる側面のカバレッジを提供することを目的とした相互運用可能なオントロジーモジュールのスイートである感染症オントロジー（IDO）によって例示されています。その中心には、一般的に感染症に関連するこれらのタイプのエンティティと関係だけをカバーする病気および病原体の中立オントロジーであるIDOコアがあります。IDOコアは、病気と病原体特異的オントロジーモジュールによって拡張されています。 結果：Covid-19データの統合と分析、およびより一般的にウイルス性感染症のデータの統合と分析を支援するために、最近、3つの新しいIDO拡張機能を開発しました。IDOウイルス（VIDO）。コロナウイルス感染症オントロジー（CIDO）;Covid-19（IDO-Covid-19）に焦点を当てたCIDOの拡張。ウイルスが細胞の部分を欠いているという事実を反映して、ウイルスやウイルス学者によって研究された他の無細胞存在をカバーするための無細胞構造という用語をIDOコアに導入しました。これで、感染性の性質を持つ生物と感染性構造 - 感染性の性質を持つ細胞構造を区別します。これにより、Ido Coreのコンテンツのさまざまな更新と改良が生まれました。Vido、Cido、およびIdo-Covid-19に関する私たちの研究は、オントロジーの構築ベストプラクティスとのより大きな順応をもたらすためのモデルとして役立つと考えています。 結論：IDOは、既存の疾患オントロジーで表されるデータと複数の次元に沿って、新しい疾患に関するデータを簡単に比較できるようにするために、新しい病原体固有のオントロジーを構築するための簡単なレシピを提供します。さらに、IDO戦略はオントロジーの調整をサポートし、医師、研究者、公衆衛生組織が現在および将来の公衆衛生の危機に迅速かつ効率的に対応できるようにするデータ統合と共有の強力な方法を提供します。

BACKGROUND: Effective response to public health emergencies, such as we are now experiencing with COVID-19, requires data sharing across multiple disciplines and data systems. Ontologies offer a powerful data sharing tool, and this holds especially for those ontologies built on the design principles of the Open Biomedical Ontologies Foundry. These principles are exemplified by the Infectious Disease Ontology (IDO), a suite of interoperable ontology modules aiming to provide coverage of all aspects of the infectious disease domain. At its center is IDO Core, a disease- and pathogen-neutral ontology covering just those types of entities and relations that are relevant to infectious diseases generally. IDO Core is extended by disease and pathogen-specific ontology modules. RESULTS: To assist the integration and analysis of COVID-19 data, and viral infectious disease data more generally, we have recently developed three new IDO extensions: IDO Virus (VIDO); the Coronavirus Infectious Disease Ontology (CIDO); and an extension of CIDO focusing on COVID-19 (IDO-COVID-19). Reflecting the fact that viruses lack cellular parts, we have introduced into IDO Core the term acellular structure to cover viruses and other acellular entities studied by virologists. We now distinguish between infectious agents - organisms with an infectious disposition - and infectious structures - acellular structures with an infectious disposition. This in turn has led to various updates and refinements of IDO Core's content. We believe that our work on VIDO, CIDO, and IDO-COVID-19 can serve as a model for yielding greater conformance with ontology building best practices. CONCLUSIONS: IDO provides a simple recipe for building new pathogen-specific ontologies in a way that allows data about novel diseases to be easily compared, along multiple dimensions, with data represented by existing disease ontologies. The IDO strategy, moreover, supports ontology coordination, providing a powerful method of data integration and sharing that allows physicians, researchers, and public health organizations to respond rapidly and efficiently to current and future public health crises.