Autodock Vina 120：新しいドッキング方法、拡張力フィールド、およびPythonバインディング

Autodock Vinaは、間違いなく分子ドッキングのために最も速く、最も広く使用されているオープンソースプログラムの1つです。ただし、AutoDockスイートの他のプログラムと比較して、マクロサイクルや明示的な水分子などの特定の機能をモデル化するサポートがありません。ここでは、AutoDock Vina 1.2.0でのこの機能の実装について説明します。さらに、AutoDock Vina 1.2.0は、AutoDock4.2スコアリング機能、複数のリガンドの同時ドッキング、および多数のリガンドをドッキングするためのバッチモードをサポートします。さらに、スクリプトとドッキングワークフローの開発を促進するために、Pythonバインディングを実装しました。この作業は、AutoDock4およびAutoDock Vinaプログラムの特徴の統一に向けた努力です。ソースコードは、https：//github.com/ccsb-scripps/autodock-vinaで入手できます。

AutoDock Vina is arguably one of the fastest and most widely used open-source programs for molecular docking. However, compared to other programs in the AutoDock Suite, it lacks support for modeling specific features such as macrocycles or explicit water molecules. Here, we describe the implementation of this functionality in AutoDock Vina 1.2.0. Additionally, AutoDock Vina 1.2.0 supports the AutoDock4.2 scoring function, simultaneous docking of multiple ligands, and a batch mode for docking a large number of ligands. Furthermore, we implemented Python bindings to facilitate scripting and the development of docking workflows. This work is an effort toward the unification of the features of the AutoDock4 and AutoDock Vina programs. The source code is available at https://github.com/ccsb-scripps/AutoDock-Vina.