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背景：中国の先住民のウサギは、粗抵抗、ストレス抵抗、環境適応性などの明確な特性を持っています。これは、中国のウサギ産業の持続可能な開発にとって非常に重要です。したがって、この種の遺伝的多様性と人口構造を研究し、ゲノム資源を開発する必要があります。 結果：この研究では、制限部位関連DNAシーケンス（RAD-seq）を使用して、中国の6つの土着ウサギ品種と2つの輸入されたウサギ品種から1,006,496のSNPマーカーを取得しました。柔術と福建の黄色のウサギは、ヌクレオチドの多様性（π）と結合不均衡の崩壊（LD）の崩壊、およびより高い観察されたヘテロ接合性（HO）と予想されるヘテロ接合（HE）を示し、他のウサギよりも高い遺伝的多様性を示しています。ニュージーランドのウサギとベルギーのウサギの近親交配係数（FIS）は、他のウサギのそれよりも高かった。隣接する（NJ）ツリー、主成分分析（PCA）、および個体群およびY染色体の個体群構造分析により、ベルギー、ニュージーランド、ワンザイ、四川白、およびミンキサンブラックウサギが別々に集まっていることが示されました。、そして柔術のウサギが一緒に集まった。ワンザイのウサギは、他の集団（k = 3）から明確に分離されており、これは人口分化指数（FST）分析と一致していました。選択署名分析は、対照的なコートの色を持つ2つの集団で実行されました。四川とニュージーランドのウサギを参照集団として、ターゲット集団としてのミンキシナンブラックとワンザイのウサギをそれぞれ408、454、418、および518遺伝子を選択した518遺伝子を取得しました。遺伝子オントロジー（GO）分類および遺伝子およびゲノム（KEGG）濃縮分析の京都百科事典は、選択シグネチャを持つ遺伝子に対して実行されました。結果は、選択シグネチャを持つ遺伝子が、4つのセットの選択署名分析すべてでメラニン形成経路に濃縮されたことを示しました。 結論：私たちの研究は、中国の先住民のウサギ品種の遺伝学とゲノミクスに関する最初の洞察を提供し、種のさらなる効果的な利用のための貴重な資源として機能します。
背景：中国の先住民のウサギは、粗抵抗、ストレス抵抗、環境適応性などの明確な特性を持っています。これは、中国のウサギ産業の持続可能な開発にとって非常に重要です。したがって、この種の遺伝的多様性と人口構造を研究し、ゲノム資源を開発する必要があります。 結果：この研究では、制限部位関連DNAシーケンス（RAD-seq）を使用して、中国の6つの土着ウサギ品種と2つの輸入されたウサギ品種から1,006,496のSNPマーカーを取得しました。柔術と福建の黄色のウサギは、ヌクレオチドの多様性（π）と結合不均衡の崩壊（LD）の崩壊、およびより高い観察されたヘテロ接合性（HO）と予想されるヘテロ接合（HE）を示し、他のウサギよりも高い遺伝的多様性を示しています。ニュージーランドのウサギとベルギーのウサギの近親交配係数（FIS）は、他のウサギのそれよりも高かった。隣接する（NJ）ツリー、主成分分析（PCA）、および個体群およびY染色体の個体群構造分析により、ベルギー、ニュージーランド、ワンザイ、四川白、およびミンキサンブラックウサギが別々に集まっていることが示されました。、そして柔術のウサギが一緒に集まった。ワンザイのウサギは、他の集団（k = 3）から明確に分離されており、これは人口分化指数（FST）分析と一致していました。選択署名分析は、対照的なコートの色を持つ2つの集団で実行されました。四川とニュージーランドのウサギを参照集団として、ターゲット集団としてのミンキシナンブラックとワンザイのウサギをそれぞれ408、454、418、および518遺伝子を選択した518遺伝子を取得しました。遺伝子オントロジー（GO）分類および遺伝子およびゲノム（KEGG）濃縮分析の京都百科事典は、選択シグネチャを持つ遺伝子に対して実行されました。結果は、選択シグネチャを持つ遺伝子が、4つのセットの選択署名分析すべてでメラニン形成経路に濃縮されたことを示しました。 結論：私たちの研究は、中国の先住民のウサギ品種の遺伝学とゲノミクスに関する最初の洞察を提供し、種のさらなる効果的な利用のための貴重な資源として機能します。
BACKGROUND: Chinese indigenous rabbits have distinct characteristics, such as roughage resistance, stress resistance and environmental adaptability, which are of great significance to the sustainable development of the rabbit industry in China. Therefore, it is necessary to study the genetic diversity and population structure of this species and develop genomic resources. RESULTS: In this study, we used restriction site-associated DNA sequencing (RAD-seq) to obtain 1,006,496 SNP markers from six Chinese indigenous rabbit breeds and two imported rabbit breeds. Jiuyishan and Fujian Yellow rabbits showed the highest nucleotide diversity (π) and decay of linkage disequilibrium (LD), as well as higher observed heterozygosity (Ho) and expected heterozygosity (He), indicating higher genetic diversity than other rabbits. The inbreeding coefficient (FIS) of New Zealand rabbits and Belgian rabbits was higher than that of other rabbits. The neighbour-joining (NJ) tree, principal component analysis (PCA), and population structure analysis of autosomes and Y chromosomes showed that Belgian, New Zealand, Wanzai, Sichuan White, and Minxinan Black rabbits clustered separately, and Fujian Yellow, Yunnan Colourful, and Jiuyishan rabbits clustered together. Wanzai rabbits were clearly separated from other populations (K = 3), which was consistent with the population differentiation index (FST) analysis. The selection signature analysis was performed in two populations with contrasting coat colours. With Sichuan White and New Zealand rabbits as the reference populations and Minxinan Black and Wanzai rabbits as the target populations, 408, 454, 418, and 518 genes with a selection signature, respectively, were obtained. Gene Ontology (GO) classification and Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) enrichment analysis were performed on the genes with a selection signature. The results showed that the genes with a selection signature were enriched in the melanogenesis pathway in all four sets of selection signature analyses. CONCLUSIONS: Our study provides the first insights into the genetics and genomics of Chinese indigenous rabbit breeds and serves as a valuable resource for the further effective utilization of the species.
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