FoundationOne®ヘムを使用した軟部組織肉腫の分子プロファイリングは、肉腫療法の潜在的な標的を特定します：単一中心の経験

背景：分子診断は、成人の軟部組織肉腫（STS）の特性評価における確立されたツールになりました。Foundation®ヘムは、腫瘍関連遺伝子のDNAおよびRNA-HOTSPOTシーケンスを介した肉腫の体性遺伝子変化を分析します。 方法：単一の機関からの35の転座関連および46の複合核型症例を含む、81の局所的なSTでFoundationOne®ヘムテストを評価しました。 結果：Foundation®ヘムは幅広い患者のカバレッジを達成し、各サンプルで少なくとも5つの遺伝的変化を特定しましたが、融合検出の感度は42.4％でかなり低かった。それにもかかわらず、STS治療の潜在的な標的は、FoundationOne®ヘムアッセイを使用して検出されました。複合核型肉腫は、一般的な腫瘍サプレッサー遺伝子、特にTP53、NF1、ATRX、およびCDKN2Aの欠失のコピー番号変化を頻繁に示しました。Myxofibrosar Comas（MFS）のサブセットをHGF（n = 3）およびMET（n = 1）のために増幅しました。PIK3CAは、7/15症例の粘液脂肪肉腫（MLS; 46.7％）で変異しました。エピジェネティックな調節因子（MLL2およびMLL3など）は頻繁に変異しました。 結論：要約すると、Foundation®ヘムは、STSの幅広い遺伝的変化と潜在的な治療標的を検出しました（例：MFSのサブセットでHGF/Met、またはMLSのPIK3CA）。融合検出に対するアッセイの感度は、サンプルでは低く、より大きなコホートで再評価する必要があります。

BACKGROUND: Molecular diagnosis has become an established tool in the characterisation of adult soft-tissue sarcomas (STS). FoundationOne® Heme analyses somatic gene alterations in sarcomas via DNA and RNA-hotspot sequencing of tumour-associated genes. METHODS: We evaluated FoundationOne® Heme testing in 81 localised STS including 35 translocation-associated and 46 complex-karyotyped cases from a single institution. RESULTS: Although FoundationOne® Heme achieved broad patient coverage and identified at least five genetic alterations in each sample, the sensitivity for fusion detection was rather low, at 42.4%. Nevertheless, potential targets for STS treatment were detected using the FoundationOne® Heme assay: complex-karyotyped sarcomas frequently displayed copy-number alterations of common tumour-suppressor genes, particularly deletions in TP53, NF1, ATRX, and CDKN2A. A subset of myxofibrosarcomas (MFS) was amplified for HGF (n = 3) and MET (n = 1). PIK3CA was mutated in 7/15 cases of myxoid liposarcoma (MLS; 46.7%). Epigenetic regulators (e.g. MLL2 and MLL3) were frequently mutated. CONCLUSIONS: In summary, FoundationOne® Heme detected a broad range of genetic alterations and potential therapeutic targets in STS (e.g. HGF/MET in a subset of MFS, or PIK3CA in MLS). The assay's sensitivity for fusion detection was low in our sample and needs to be re-evaluated in a larger cohort.