トルコの人口の遺伝的構造は、高いレベルの変動と混合物を明らかにしています

人口ベースのバリエームの構築は、ヒト遺伝性疾患の遺伝的基盤の理解に大きく貢献しています。ここでは、トルコの疾患遺伝子発見を促進するために役立つトルコ（TR）バリオームを生成するために、エクソーム全体（n = 2,589）または全ゲノム（n = 773）（n = 2,589）または全ゲノム（n = 773）が配列決定された3,362人の無関係な被験者からの七面鳥の遺伝構造を調査しました。ヨーロッパとアジアの間の岐路としての現在の七面鳥の歴史と一致して、私たちはバルカン、コーカサス、中東、およびヨーロッパの人々の間に広範な混合物を見つけ、これまでに評価されたよりもTR集団とヨーロッパ人のより緊密な遺伝的関係を築きました。TR個体の50％は、1000のゲノムプロジェクトの個体数と比較して、TR集団のみで発見されたホモ接合性の走行が4 MBより長く、同性愛係数（≥0.0156）を有していると判断しました。また、非常にまれな範囲（対立遺伝子頻度<0.005）のエクソームの28％とゲノム変異体の49％が現代のTR集団に固有であることがわかりました。これらのバリエーションに機能的な結果に基づいて、潜在的な医療関連の対立遺伝子を含むTRバリオーム、ホモ接合性の機能喪失バリエーションのリポジトリ、高品質のハプロタイプを使用した遺伝子型抑制のTR参照パネルを確立するために、ゲノムワイドを促進するために注釈を付けました。協会研究。現代のTR集団の遺伝的構造に関する情報を提供することに加えて、これらのデータは、特定の表現型に関連するバリアントを特定し、特定の遺伝子の変異の表現型の結果を確立するための将来の研究のための貴重なリソースを提供します。

The construction of population-based variomes has contributed substantially to our understanding of the genetic basis of human inherited disease. Here, we investigated the genetic structure of Turkey from 3,362 unrelated subjects whose whole exomes (n = 2,589) or whole genomes (n = 773) were sequenced to generate a Turkish (TR) Variome that should serve to facilitate disease gene discovery in Turkey. Consistent with the history of present-day Turkey as a crossroads between Europe and Asia, we found extensive admixture between Balkan, Caucasus, Middle Eastern, and European populations with a closer genetic relationship of the TR population to Europeans than hitherto appreciated. We determined that 50% of TR individuals had high inbreeding coefficients (≥0.0156) with runs of homozygosity longer than 4 Mb being found exclusively in the TR population when compared to 1000 Genomes Project populations. We also found that 28% of exome and 49% of genome variants in the very rare range (allele frequency < 0.005) are unique to the modern TR population. We annotated these variants based on their functional consequences to establish a TR Variome containing alleles of potential medical relevance, a repository of homozygous loss-of-function variants and a TR reference panel for genotype imputation using high-quality haplotypes, to facilitate genome-wide association studies. In addition to providing information on the genetic structure of the modern TR population, these data provide an invaluable resource for future studies to identify variants that are associated with specific phenotypes as well as establishing the phenotypic consequences of mutations in specific genes.