大規模なCISおよびトランスEQTL分析は、血液遺伝子発現を調節する数千の遺伝子遺伝子座と多遺伝子スコアを識別します

形質関連の遺伝的変異体は、主にトランスクリプトームの調節メカニズムを介して複雑な表現型に影響します。遺伝子発現の遺伝学を調査するために、31,684人からの血液由来の発現を使用して、eqtlgenコンソーシアムを介して血液由来の発現を使用して、シスおよびトランスエクスプレッションの定量的形質軌跡（EQTL）分析を実行しました。遺伝子の88％についてCIS-EQTLを検出しましたが、これらは多数の組織で複製可能でした。遠位トランスEQTL（テストされた10,317個の形質関連のバリアントの37％で検出）は、複製速度が低く、細胞型組成による交絡のために、複製速度が低いことを示しました。ただし、単一細胞RNA-SEQデータの複製分析は、細胞内トランスEQTLを優先しました。Trans-EQTLは、主に転写因子による調節を通じて、いくつかのメカニズムを介して効果を発揮しました。遺伝子の13％の発現は、1,263の表現型のポリジェニックスコアと相関しており、それらの特性の潜在的なドライバーを特定しています。要約すると、この作業は大きなEQTLリソースを表しており、その結果は複雑な表現型の詳細な解釈の出発点として機能します。

Trait-associated genetic variants affect complex phenotypes primarily via regulatory mechanisms on the transcriptome. To investigate the genetics of gene expression, we performed cis- and trans-expression quantitative trait locus (eQTL) analyses using blood-derived expression from 31,684 individuals through the eQTLGen Consortium. We detected cis-eQTL for 88% of genes, and these were replicable in numerous tissues. Distal trans-eQTL (detected for 37% of 10,317 trait-associated variants tested) showed lower replication rates, partially due to low replication power and confounding by cell type composition. However, replication analyses in single-cell RNA-seq data prioritized intracellular trans-eQTL. Trans-eQTL exerted their effects via several mechanisms, primarily through regulation by transcription factors. Expression of 13% of the genes correlated with polygenic scores for 1,263 phenotypes, pinpointing potential drivers for those traits. In summary, this work represents a large eQTL resource, and its results serve as a starting point for in-depth interpretation of complex phenotypes.