TYGSおよびLPSN：原核生物の高速で信頼性の高いゲノムベースの分類と命名法のためのデータベースタンデム

微生物系統は、ゲノムベースの方法に大きく影響され、パブリックデータリポジトリの分類群名と関連するシーケンスの数が増え続けることに挑戦しています。これは、データベースシステムに課題をもたらします。特に、そのようなデータが、原核生物の国際命名法など、名前を管理するための世界的に認識されているアプローチに基づいている場合、明らかに有利であるためです。データの量は、この需要に準拠し、すべての変更を効率的かつ柔軟な方法で追跡することができる正確で信頼性の高いハイスループットプラットフォームが利用可能である場合にのみ処理できます。命名法（LPSN）に立っている原核生物の名前のリストは、原核生物の命名法の専門的な権威あるリソースであり、https：//lpsn.dsmz.deで入手できます。タイプ（ひずみ）ゲノムサーバー（TYGS）は、正確なゲノムベースの分類法のためのハイスループットプラットフォームであり、https：//tygs.dsmz.deで入手できます。ここでは、バイオインフォマティックアルゴリズムへのアクセス、データベースコンテンツのかなりの拡張、およびデータに簡単にアクセスするための新しい方法を提供する新しい高レベルの施設を含む、分類学的命名命令と分類のために、以前に導入された2つの大量に相互接続されたプラットフォームの重要な更新を提示します。

Microbial systematics is heavily influenced by genome-based methods and challenged by an ever increasing number of taxon names and associated sequences in public data repositories. This poses a challenge for database systems, particularly since it is obviously advantageous if such data are based on a globally recognized approach to manage names, such as the International Code of Nomenclature of Prokaryotes. The amount of data can only be handled if accurate and reliable high-throughput platforms are available that are able to both comply with this demand and to keep track of all changes in an efficient and flexible way. The List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN) is an expert-curated authoritative resource for prokaryotic nomenclature and is available at https://lpsn.dsmz.de. The Type (Strain) Genome Server (TYGS) is a high-throughput platform for accurate genome-based taxonomy and is available at https://tygs.dsmz.de. We here present important updates of these two previously introduced, heavily interconnected platforms for taxonomic nomenclature and classification, including new high-level facilities providing access to bioinformatic algorithms, a considerable expansion of the database content, and new ways to easily access the data.