断片化されたブラインドドッキング：新規タンパク質リガンド結合予測プロトコル

本論文では、AutoDock-Vinaに基づいた新しいブラインドドッキングプロトコルを提案しています。開発されたドッキングプロトコルは、いくつかの予備ドッキング計算で実行されたタンパク質量の体系的な調査により、結合部位の識別と結合ポーズ予測を同時に提供できます。私たちの意見では、このプロトコルは、バインディングサイトの視覚的評価なしに結合部位の識別と結合ポーズ予測を同時に提供するため、仮想スクリーニングパイプラインの最初のステップで正常に適用できます。結合ポーズ予測の後、MM/GBSAはタンパク質リガンド結合状態の精度を改善するために、scoring救助手順を適用しました。FRADプロトコルは、熱ショックタンパク質90の116のタンパク質リガンド複合体、ヒト免疫不全ウイルスプロテアーゼ1の176、およびPDBBINDデータセットから取得した100を超えるタンパク質リガンドシステムでテストされています。全体として、MM/GBSAの再スコアと組み合わされたFRADアプローチは、リガンド結合部位が不明な場合、他の標準ドッキングアプローチに関して精度と効率を高める強力なツールと見なすことができます。

In the present paper we propose a novel blind docking protocol based on Autodock-Vina. The developed docking protocol can provide binding site identification and binding pose prediction at the same time, by a systematical exploration of the protein volume performed with several preliminary docking calculations. In our opinion, this protocol can be successfully applied during the first steps of the virtual screening pipeline, because it provides binding site identification and binding pose prediction at the same time without visual evaluation of the binding site. After the binding pose prediction, MM/GBSA re-scoring rescoring procedures has been applied to improve the accuracy of the protein-ligand bound state. The FRAD protocol has been tested on 116 protein-ligand complexes of the Heat Shock Protein 90 - alpha, on 176 of Human Immunodeficiency virus protease 1, and on more than 100 protein-ligand system taken from the PDBbind dataset. Overall, the FRAD approach combined to MM/GBSA re-scoring can be considered as a powerful tool to increase the accuracy and efficiency with respect to other standard docking approaches when the ligand-binding site is unknown.Communicated by Ramaswamy H. Sarma.