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目的：シリコで調査するために、重度の急性呼吸症候群コロナウイルス-2（SARS-COV-2）とヒト非コーディング（NC）RNA遺伝子のRNAゲノム間のヌクレオチド配列相補性の存在を調査します。 方法：11のSARS-COV-2分離株Wuhan-Hu-1遺伝子のそれぞれのFASTAシーケンス（NC_045512.2）は、ncbi.nlm.nih.gov/geneおよびensembl.orgライブラリから任意のベースのために尋問されたensembl.orgライブラリから取得しました -ペアはヒトNCRNA遺伝子と一致します。SARS-COV-2遺伝子が一致したヒトNCRNAは、バイオインフォマティック分析を使用して機能的活性についてスクリーニングされました。最後に、特定されたNCRNAとヒト疾患との関連がGWASデータベースで検索されました。 結果：SARS-COV-2遺伝子のヌクレオチド配列とヒトNCRNAの間に合計252の一致が見つかりました。2つの小さな核RNAを除いて、それらはすべて、主に生理学的条件下で精巣と中枢神経系で発現する長い非コード（LNC）RNAでした。アライメントの割合は91.30％から100％の範囲で、平均ヌクレオチドアライメント長は17.5±2.4でした。それらの33（13.09％）には、予測されたRループ形成シーケンスが含まれていましたが、これらのいずれもSARS-COV-2の相補的シーケンスと交差するものはありませんでした。しかし、31例では、NCRNAの調節部位で一致したものであり、その隣接するコーディング遺伝子は主に癌、免疫学、神経学的経路に関与しています。同様に、検出された非コード遺伝子のいくつかの多型変異体は、神経精神障害および増殖性障害に関連しています。 結論：この極めて重要なシリコ研究は、SARS-COV-2遺伝子がヒトNCRNA配列に対するワトソンクリックヌクレオチド相補性を持ち、標的遺伝子のnCRNAエピジェネティックな制御を潜在的に破壊することを示しています。これが長期的に人間の病気の発症をもたらす可能性があるかどうかは明らかにされていない。
目的：シリコで調査するために、重度の急性呼吸症候群コロナウイルス-2（SARS-COV-2）とヒト非コーディング（NC）RNA遺伝子のRNAゲノム間のヌクレオチド配列相補性の存在を調査します。 方法：11のSARS-COV-2分離株Wuhan-Hu-1遺伝子のそれぞれのFASTAシーケンス（NC_045512.2）は、ncbi.nlm.nih.gov/geneおよびensembl.orgライブラリから任意のベースのために尋問されたensembl.orgライブラリから取得しました -ペアはヒトNCRNA遺伝子と一致します。SARS-COV-2遺伝子が一致したヒトNCRNAは、バイオインフォマティック分析を使用して機能的活性についてスクリーニングされました。最後に、特定されたNCRNAとヒト疾患との関連がGWASデータベースで検索されました。 結果：SARS-COV-2遺伝子のヌクレオチド配列とヒトNCRNAの間に合計252の一致が見つかりました。2つの小さな核RNAを除いて、それらはすべて、主に生理学的条件下で精巣と中枢神経系で発現する長い非コード（LNC）RNAでした。アライメントの割合は91.30％から100％の範囲で、平均ヌクレオチドアライメント長は17.5±2.4でした。それらの33（13.09％）には、予測されたRループ形成シーケンスが含まれていましたが、これらのいずれもSARS-COV-2の相補的シーケンスと交差するものはありませんでした。しかし、31例では、NCRNAの調節部位で一致したものであり、その隣接するコーディング遺伝子は主に癌、免疫学、神経学的経路に関与しています。同様に、検出された非コード遺伝子のいくつかの多型変異体は、神経精神障害および増殖性障害に関連しています。 結論：この極めて重要なシリコ研究は、SARS-COV-2遺伝子がヒトNCRNA配列に対するワトソンクリックヌクレオチド相補性を持ち、標的遺伝子のnCRNAエピジェネティックな制御を潜在的に破壊することを示しています。これが長期的に人間の病気の発症をもたらす可能性があるかどうかは明らかにされていない。
OBJECTIVES: To investigate in silico the presence of nucleotide sequence complementarity between the RNA genome of Severe Acute Respiratory Syndrome CoronaVirus-2 (SARS-CoV-2) and human non-coding (nc)RNA genes. METHODS: The FASTA sequence (NC_045512.2) of each of the 11 SARS-CoV-2 isolate Wuhan-Hu-1 genes was retrieved from NCBI.nlm.nih.gov/gene and the Ensembl.org library interrogated for any base-pair match with human ncRNA genes. SARS-CoV-2 gene-matched human ncRNAs were screened for functional activity using bioinformatic analysis. Finally, associations between identified ncRNAs and human diseases were searched in GWAS databases. RESULTS: A total of 252 matches were found between the nucleotide sequence of SARS-CoV-2 genes and human ncRNAs. With the exception of two small nuclear RNAs, all of them were long non-coding (lnc)RNAs expressed mainly in testis and central nervous system under physiological conditions. The percentage of alignment ranged from 91.30% to 100% with a mean nucleotide alignment length of 17.5 ± 2.4. Thirty-three (13.09%) of them contained predicted R-loop forming sequences, but none of these intersected the complementary sequences of SARS-CoV-2. However, in 31 cases matches fell on ncRNA regulatory sites, whose adjacent coding genes are mostly involved in cancer, immunological and neurological pathways. Similarly, several polymorphic variants of detected non-coding genes have been associated with neuropsychiatric and proliferative disorders. CONCLUSION: This pivotal in silico study shows that SARS-CoV-2 genes have Watson-Crick nucleotide complementarity to human ncRNA sequences, potentially disrupting ncRNA epigenetic control of target genes. It remains to be elucidated whether this could result in the development of human disease in the long term.
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