MED13Lミスセンスのバリエーションの分類のためのメタプレジクターのパフォーマンス、生のパラメーターの意味

MED13L症候群は、中程度の知的障害、低酸素症、顔面異形を含むまれな先天性障害です。非特異的な神経発達障害の患者における全エクソームまたはゲノムシーケンスは、未知の意味のMED13Lミスセンスの変動の増加を特定します。私たちの研究の目的は、候補の病原性または中性のミスセンス変動の識別を強化する関連注釈パラメーターを特定し、7つのメタ予測アルゴリズムのパフォーマンスを評価することでした：Bayesdel、Cadd、Dann、Fathmm-XF、M-Cap、Mistic、およびRevelMED13Lミスセンスバリアントの分類。VerphylopとVerphconsスコアによるグローバルな保全の5つのパラメーターで有意差が特定されました。グランサムスコアによって推定されたアミノ酸間の物理化学的差。MED13LとMED13タンパク質の間の残基の保存;病原性変動のためのリン酸化部位に近接しています。7つの選択されたシリコ内ツールの中で、ベイズデル、レベル、およびミスチックは、ニュートラルなミスセンスのバリエーションを識別するための最も興味深いパフォーマンスを提供しました。MED13Lを使用した個々の遺伝子パラメーター研究は、メタ予測体の選択を改善する注釈の要素に関する専門知識を提供しています。シリコ内アプローチにより、Med13Lの病原性ミスセンスの変動におけるこれらのアミノ酸の関与を予測するために、貴重な仮説を立てることができます。

MED13L syndrome is a rare congenital disorder comprising moderate intellectual disability, hypotonia and facial dysmorphism. Whole exome or genome sequencing in patients with non-specific neurodevelopmental disorders leads to identification of an increasing number of MED13L missense variations of unknown signification. The aim of our study was to identify relevant annotation parameters enhancing discrimination between candidate pathogenic or neutral missense variations, and to assess the performance of seven meta-predictor algorithms: BayesDel, CADD, DANN, FATHMM-XF, M-CAP, MISTIC and REVEL for the classification of MED13L missense variants. Significant differences were identified for five parameters: global conservation through verPhyloP and verPhCons scores; physico-chemical difference between amino acids estimated by Grantham scores; conservation of residues between MED13L and MED13 protein; proximity to phosphorylation sites for pathogenic variations. Among the seven selected in-silico tools, BayesDel, REVEL, and MISTIC provided the most interesting performances to discriminate pathogenic from neutral missense variations. Individual gene parameter studies with MED13L have provided expertise on elements of annotation improving meta-predictor choices. The in-silico approach allows us to make valuable hypotheses to predict the involvement of these amino acids in MED13L pathogenic missense variations.