スペインのロカットのリンゴ茎の溝ウイルス、リンゴクロロティックリーフスポットウイルス、およびリンゴハンマーヘッドウイルイドの最初の検出と分子特性

Loquat（Eriobotrya japonica）は、スペインの重要な作物です。現在までに、スペインのロカット果樹園では、1つのウイルス種、リンゴの茎のピッティングウイルス（ASPV）のみが検出されています。この研究では、スペインのこの作物に感染する追加のウイルスの存在が調査されました。症状のあるロクアット植物のRT-PCRおよびハイスループットシーケンス（HTS）は、Citrus buriefウイルス（CTLV）、およびリンゴクロロティック葉のスポットウイルス（CTLV）としても知られるリンゴ茎の溝ウイルス（ASGV）の初めての検出と特性評価をもたらしました。ACLSV）は、ほぼ完全なゲノムシーケンスの説明を持つスペインから。ACLSV感染の頻度は最も高く、サンプルの30％以上が陽性であり、感染したサンプルのほとんどは症状がありましたが、ASGVおよびASPVとの共感染として検出されました。これら2つのウイルス種のスペイン語分離株の系統発生関係を確立するために、データベースで利用可能なすべての全長配列に関する研究が実行されました。さらに、Apple Hammerhead Viroid（AHVD）も、このウイルイドについて報告されたAppleとは異なる最初のホストであるLoquatに感染するために検出されました。

Loquat (Eriobotrya japonica) is an important crop in Spain. To date, only one viral species, apple stem pitting virus (ASPV), has been detected in Spanish loquat orchards. In this study, the presence of additional viruses infecting this crop in Spain was investigated. RT-PCR and high-throughput sequencing (HTS) of symptomatic loquat plants led to first-time detection and characterization of apple stem grooving virus (ASGV), also known as citrus tatter leaf virus (CTLV), and apple chlorotic leaf spot virus (ACLSV) from Spain with description of nearly complete genomic sequences. The frequency of ACLSV infection was the highest, with over 30% of the samples testing positive and were also detected as coinfections with ASGV and ASPV, although most of the samples infected were symptomless. Studies on all the full-length sequences available in the databases were performed in order to establish the phylogenetic relationships of the Spanish isolates of these two viral species. Moreover, apple hammerhead viroid (AHVd) was also detected to infect loquat, the first host different from apple reported for this viroid to date.