PLSDB：細菌プラスミドの包括的なデータベースを進めます

プラスミドは、病原性因子と抗生物質耐性メカニズムをコードする遺伝子を含むことが知られています。メタゲノムデータ処理におけるそれらの関連性は着実に増加しています。しかし、メタゲノミクス実験の人気と規模の増加により、報告されたプラスミドの数も急速に増加しており、検出されない誤容量のためにかなりの数の誤検知が蓄積されています。ここでは、以前に公開されたデータベースPLSDBが、選択した以前の調査結果とシーケンスを迅速に比較するための信頼できるリソースを提供します。2年以内に、このリソースのサイズは、最初の13,789から8つの通常のデータアップデートの過程で34,513エントリに2倍以上になりました。この更新では、新しい分析機能とパフォーマンス、品質、アクセシビリティの改善を備えたデータベースの大幅な変更のためのコミュニティフィードバックを集約しました。既存のレコードの新しいフィルタリングステップ、注釈、および前処理は、提供されたデータの品質を改善します。さらに、Webサーバーで実装された新機能は、ユーザーのインタラクションを使いやすく、類似性情報を視覚化することにより、カスタムアップロードされたシーケンスをより深く理解できるようにします。最後に、Pythonライブラリとともにアプリケーションプログラミングインターフェイスが実装され、自動化されたワークフローでのリモートデータベースクエリを許可しました。PLSDBの最新リリースは、https：//www.ccb.uni-saarland.de/plsdbで無料でアクセスできます。

Plasmids are known to contain genes encoding for virulence factors and antibiotic resistance mechanisms. Their relevance in metagenomic data processing is steadily growing. However, with the increasing popularity and scale of metagenomics experiments, the number of reported plasmids is rapidly growing as well, amassing a considerable number of false positives due to undetected misassembles. Here, our previously published database PLSDB provides a reliable resource for researchers to quickly compare their sequences against selected and annotated previous findings. Within two years, the size of this resource has more than doubled from the initial 13,789 to now 34,513 entries over the course of eight regular data updates. For this update, we aggregated community feedback for major changes to the database featuring new analysis functionality as well as performance, quality, and accessibility improvements. New filtering steps, annotations, and preprocessing of existing records improve the quality of the provided data. Additionally, new features implemented in the web-server ease user interaction and allow for a deeper understanding of custom uploaded sequences, by visualizing similarity information. Lastly, an application programming interface was implemented along with a python library, to allow remote database queries in automated workflows. The latest release of PLSDB is freely accessible under https://www.ccb.uni-saarland.de/plsdb.