SCEPTERは、シングルセルCRISPRスクリーン分析のキャリブレーションと感度を向上させます

シングルセルCRISPRスクリーンは、ゲノム全体のスケールで遺伝子を標的とする調節要素をマッピングするための有望なバイオテクノロジーです。ただし、深さのシーケンスなどの技術的要因は、発現測定だけでなく摂動検出も促進し、交絡効果を生み出します。2つのシングルセルCRISPRスクリーンで、これらの課題がキャリブレーションの問題をどのように引き起こすかを示します。Scepterを提案します。条件付き再サンプリングを介した単一細胞摂動スクリーンの分析。各セルの摂動検出確率の作業モデルに従って前者を再サンプリングすることにより、摂動と発現の間の関連性を促進します。Scepterは、CRISPRスクリーンデータの非常に優れたキャリブレーションと感度を示し、直交生物学的証拠によってサポートされている何百もの新しい規制関係を生み出します。

Single-cell CRISPR screens are a promising biotechnology for mapping regulatory elements to target genes at genome-wide scale. However, technical factors like sequencing depth impact not only expression measurement but also perturbation detection, creating a confounding effect. We demonstrate on two single-cell CRISPR screens how these challenges cause calibration issues. We propose SCEPTRE: analysis of single-cell perturbation screens via conditional resampling, which infers associations between perturbations and expression by resampling the former according to a working model for perturbation detection probability in each cell. SCEPTRE demonstrates very good calibration and sensitivity on CRISPR screen data, yielding hundreds of new regulatory relationships supported by orthogonal biological evidence.