IBEX：多様な組織の高コンテンツイメージングのための反復免疫標識および化学漂白方法

後生動物組織に存在する細胞表現型と多細胞生態系のさまざまなカタログ化するには、高コンテンツイメージングが必要です。最近、繰り返し漂白剤は、国際的なコンソーシアの取り組みに関連する人間の臓器を含む多様な組織の多重化イメージング（> 65パラメーター）を可能にする反復的な免疫標識および化学漂白方法である多重性（IBEX）を拡張しました。IBEXは、250を超える市販の抗体と16のユニークなフルオロフォアと互換性があり、スライドと非専用イメージングチャンバーを使用して、異なるイメージングプラットフォームに簡単に採用できます。全体的なプロトコルは、基本的な実験室スキルを持つ生物学者が2〜5 Dで比較的低コストで完了できる抗体標識、イメージング、化学漂白の反復サイクルで構成されています。広範な採用をサポートするために、組織処理、検証済みの抗体のキュレーションリスト、およびマルチプレックスイメージング用の組織固有のパネルに関する幅広い詳細を提供します。さらに、競争力のある価格の楽器と試薬を使用してメソッドを自動化する方法についての指示が含まれています。最後に、オープンソースソフトウェアとフリーウェアを使用したプログラミングの経験なしに個人が実行できる画像アラインメントのソフトウェアソリューションを提示します。要約すると、IBEXは、人間の参照ATLAまたはその他のそのようなアプリケーションをサポートする多様な組織の高コンテンツマッピングを実現するために、アカデミック研究所によって容易に実装され、拡大できる非営利的な方法です。

High-content imaging is needed to catalog the variety of cellular phenotypes and multicellular ecosystems present in metazoan tissues. We recently developed iterative bleaching extends multiplexity (IBEX), an iterative immunolabeling and chemical bleaching method that enables multiplexed imaging (>65 parameters) in diverse tissues, including human organs relevant for international consortia efforts. IBEX is compatible with >250 commercially available antibodies and 16 unique fluorophores, and can be easily adopted to different imaging platforms using slides and nonproprietary imaging chambers. The overall protocol consists of iterative cycles of antibody labeling, imaging and chemical bleaching that can be completed at relatively low cost in 2-5 d by biologists with basic laboratory skills. To support widespread adoption, we provide extensive details on tissue processing, curated lists of validated antibodies and tissue-specific panels for multiplex imaging. Furthermore, instructions are included on how to automate the method using competitively priced instruments and reagents. Finally, we present a software solution for image alignment that can be executed by individuals without programming experience using open-source software and freeware. In summary, IBEX is a noncommercial method that can be readily implemented by academic laboratories and scaled to achieve high-content mapping of diverse tissues in support of a Human Reference Atlas or other such applications.