呼吸器感染症の検出のためのアールプレックス呼吸器パネル1、2、3、およびバイオファイアフィルムアレイ呼吸器パネルの比較評価

単一の鼻咽頭スワブ（NPS）標本の複数の呼吸病原体を同時に検出する多重核酸増幅アッセイは、迅速な臨床診断に広く使用されています。NPS標本から呼吸病原体を検出するためのAllplex呼吸器パネル（RP）1、2、3、およびBiofire Filmarray RPアッセイを評価しました。全部で、非流動季節（2019年8月から12月）に呼吸器感染症の疑いがある患者から得られた181のNPS標本が含まれていました。Allplex RP 1、2、および3は、呼吸器ウイルスに対して陽性である154のサンプルを検出しましたが、バイオファイアフィルムアレイは98のサンプルでウイルスを検出しました。2つ以上のウイルスとの共感染は、それぞれ41および17のNPS標本で、Allplex RPとBiofire FilmArray RPによって検出されました。アデノウイルスの場合、Allplex RP 1は31個の標本を検出しましたが、34個はバイオファイアフィルムアレイによって検出されました。全部で、64個のNPS標本は、バイオフィアフィルムアレイの39 HEV/HRVとは対照的に、Allplex RPのヒトエンテロウイルス（HEV）およびヒトライノウイルス（HRV）に対して陽性でした。Parainfluenzaウイルス（PIV-1-4）の検出率は、2つのシステム間で異なりました。ほとんどの矛盾した結果は、Allplex RPによって得られた高いサイクルしきい値を持つNPS標本で観察されました。この研究では、複数の呼吸器ウイルスの同時検出のためのAllplex RP 1、2、3、およびBiofire Filmarray RPの一致性能が示されました。

Multiplex nucleic acid amplification assays that simultaneously detect multiple respiratory pathogens in a single nasopharyngeal swab (NPS) specimen are widely used for rapid clinical diagnostics. We evaluated Allplex Respiratory Panel (RP) 1, 2, 3, and the BioFire FilmArray RP assay for detecting respiratory pathogens from NPS specimens. In all, 181 NPS specimens obtained from patients suspected of having respiratory infections during the non-influenza season (August-December 2019) were included. The Allplex RP 1, 2, and 3 detected 154 samples positive for respiratory viruses, whereas the BioFire FilmArray detected viruses in 98 samples. Co-infection with two or more viruses was detected in 41 and 17 NPS specimens by Allplex RP and the BioFire FilmArray RP, respectively. For adenoviruses, Allplex RP 1 detected 31 specimens, compared to 34 by the BioFire FilmArray. In all, 64 NPS specimens were positive for human enterovirus (HEV) and human rhinovirus (HRV) on the Allplex RP, in contrast to 39 HEV/HRV on the BioFire FilmArray. The parainfluenza virus (PIV-1-4) detection rate differed between the two systems. Most discrepant results were observed for NPS specimens with high cycle threshold values obtained by Allplex RP. This study showed concordant performance of the Allplex RP 1, 2, 3, and the BioFire FilmArray RP for the simultaneous detection of multiple respiratory viruses.