バルク組織RNA-seqで差次的に発現した遺伝子から細胞型固有のシグネチャを抽出するプロトコル

バルク組織RNA-seqは、組織全体およびさまざまな実験条件下での遺伝子発現レベルの変動を分析するために広く使用されています。ここでは、既存の単一細胞発現データを活用して、非常に不均一な組織からの差次的に発現した遺伝子リストに細胞型特異的遺伝子発現のパターンをデコンボリューションするプロトコルを導入します。このプロトコルを適用して、てんかんのげっ歯類モデルにおける脳の海馬Ca1領域の異なるサブレーヤー間の細胞型特異的遺伝子発現と細胞型組成の変動を尋問します。このプロトコルの使用と実行の詳細については、Cid et alを参照してください。（2021）。

Bulk-tissue RNA-seq is widely used to dissect variation in gene expression levels across tissues and under different experimental conditions. Here, we introduce a protocol that leverages existing single-cell expression data to deconvolve patterns of cell-type-specific gene expression in differentially expressed gene lists from highly heterogeneous tissue. We apply this protocol to interrogate cell-type-specific gene expression and variation in cell type composition between the distinct sublayers of the hippocampal CA1 region of the brain in a rodent model of epilepsy. For complete details on the use and execution of this protocol, please refer to Cid et al. (2021).