Loading...
Technology in cancer research & treatment20220101Vol.21issue()

TCGAデータベースとバイオインフォマティクス分析に基づいた頭頸部扁平上皮癌のmiR-21-5p主要な標的遺伝子と経路の調査

,
,
,
,
,
,
,
,
,
文献タイプ:
  • Journal Article
  • Meta-Analysis
  • Research Support, Non-U.S. Gov't
概要
Abstract

目的:頭頸部扁平上皮癌(HNSCC)は、世界中で6番目によく診断されている悪性腫瘍です。MicroRNA-21-5P(miR-21-5p)の過剰発現は、HNSCCの開発に関与していることが報告されています。ただし、HNSCCにおけるmiR-21-5pの役割はまだ完全には解明されていません。この研究の目的は、HNSCCにおけるmiR-21-5pの基礎となる分子メカニズムを調査することでした。方法:RT-QPCRを使用して、HNSCC患者の組織サンプルにおけるmiR-21-5pの微分発現レベルを決定しました。メタ分析は、遺伝子発現オムニバス(GEO)データベース、がんゲノムアトラス(TCGA)から収集されたmiRNA発現データに基づいて実行され、HNSCCでのmiR-21-5pの発現を評価する記事を公開しました。遺伝子オントロジー濃縮および標的予測分析により、miR-21-5pの生物学的機能を調査しました。さらに、RT-QPCRとIHCを実施して、標的遺伝子の発現を検証しました。最後に、カプラン・マイヤーの生存分析を実施して、推定miR-21-5p標的遺伝子の予後値を評価しました。結果:miR-21-5pは、健康な組織と比較してHNSCCで有意に過剰発現し(p <.05)、0.90に特徴的な要約レシーバーを備えた強力な予測力を示しました。一方、miR-21-5pの発現は、HNSCCでの腫瘍期、T段階、喫煙と有意に相関していた(p <.05)。HNSCC関連とmiR-21-P5関連の両方の合計71のダウンレギュレートされた遺伝子が、分析的統合から得られました。2つの予測遺伝子(ADH7、RDH12)はHNSCCでダウンレギュレートされ、miR-21-5pと有意に負の相関がありました。IHCおよびRT-QPCRは、HNSCCサンプルにおけるADH7およびRDH12の発現がコントロールよりも有意に低いことを実証しました。ADH7の高発現は、HNSCC患者のより良いDFSと関連していました。結論:miR-21-5pはADH7、RDH12を標的にし、HNSCCの予後に影響を与える可能性のあるレチノール代謝の調節に参加する可能性があります。ADH7の高発現は、HNSCC患者の予後が良好であることを示している可能性があります。

目的:頭頸部扁平上皮癌(HNSCC)は、世界中で6番目によく診断されている悪性腫瘍です。MicroRNA-21-5P(miR-21-5p)の過剰発現は、HNSCCの開発に関与していることが報告されています。ただし、HNSCCにおけるmiR-21-5pの役割はまだ完全には解明されていません。この研究の目的は、HNSCCにおけるmiR-21-5pの基礎となる分子メカニズムを調査することでした。方法:RT-QPCRを使用して、HNSCC患者の組織サンプルにおけるmiR-21-5pの微分発現レベルを決定しました。メタ分析は、遺伝子発現オムニバス(GEO)データベース、がんゲノムアトラス(TCGA)から収集されたmiRNA発現データに基づいて実行され、HNSCCでのmiR-21-5pの発現を評価する記事を公開しました。遺伝子オントロジー濃縮および標的予測分析により、miR-21-5pの生物学的機能を調査しました。さらに、RT-QPCRとIHCを実施して、標的遺伝子の発現を検証しました。最後に、カプラン・マイヤーの生存分析を実施して、推定miR-21-5p標的遺伝子の予後値を評価しました。結果:miR-21-5pは、健康な組織と比較してHNSCCで有意に過剰発現し(p <.05)、0.90に特徴的な要約レシーバーを備えた強力な予測力を示しました。一方、miR-21-5pの発現は、HNSCCでの腫瘍期、T段階、喫煙と有意に相関していた(p <.05)。HNSCC関連とmiR-21-P5関連の両方の合計71のダウンレギュレートされた遺伝子が、分析的統合から得られました。2つの予測遺伝子(ADH7、RDH12)はHNSCCでダウンレギュレートされ、miR-21-5pと有意に負の相関がありました。IHCおよびRT-QPCRは、HNSCCサンプルにおけるADH7およびRDH12の発現がコントロールよりも有意に低いことを実証しました。ADH7の高発現は、HNSCC患者のより良いDFSと関連していました。結論:miR-21-5pはADH7、RDH12を標的にし、HNSCCの予後に影響を与える可能性のあるレチノール代謝の調節に参加する可能性があります。ADH7の高発現は、HNSCC患者の予後が良好であることを示している可能性があります。

Aim: Head and neck squamous cell carcinoma (HNSCC) is the sixth most commonly diagnosed malignancy worldwide. Overexpressed of microRNA-21-5p (miR-21-5p) has been reported to be involved in the development of HNSCC. However, the role of miR-21-5p in HNSCC is still not fully elucidated. The purpose of this study was to explore the underlying molecular mechanisms of miR-21-5p in HNSCC. Methods: RT-qPCR was used to determine the differential expression levels of miR-21-5p in tissue samples of HNSCC patients. Meta-analysis was performed based on miRNA expression data collected from the Gene Expression Omnibus (GEO) database, The Cancer Genome Atlas (TCGA), and published articles to evaluate the expression of miR-21-5p in HNSCC. We investigated the biological function of miR-21-5P by gene ontology enrichment and target prediction analysis. Furthermore, RT-qPCR and IHC were conducted to verify the expression of target genes. Finally, Kaplan-Meier survival analysis was performed to assessed the prognostic value of the putative miR-21-5p target genes. Results: MiR-21-5p was significantly overexpressed in HNSCC compared to healthy tissues (P < .05) and showed potent predictive power with a summary receiver operating characteristic of 0.90. Meanwhile, the expression of miR-21-5p was significantly correlated with tumor stage, T stage and smoking in HNSCC (P < .05). A total of 71 down-regulated genes, both HNSCC-related and miR-21-p5-related, were obtained from the analytical integration. Two predicted genes (ADH7, RDH12) were down-regulated in HNSCC, and significantly negatively correlated with miR-21-5p. IHC and RT-qPCR demonstrated that the expression of ADH7 and RDH12 in HNSCC samples was significantly lower than control. And high expression of ADH7 was associated with better DFS of HNSCC patients. Conclusions: miR-21-5p may target at ADH7, RDH12 and participate in regulation of retinol metabolism, which might affect the prognosis of HNSCC. High expression of ADH7 may indicate better prognosis in HNSCC patients.

医師のための臨床サポートサービス

ヒポクラ x マイナビのご紹介

無料会員登録していただくと、さらに便利で効率的な検索が可能になります。

Translated by Google