次世代の二重鎖シーケンスによるペアリド診断リラプス骨髄骨髄性白血病サンプルにおける臨床亜陽性バリアントの正確な検出

突然変異は、多様な人間の癌を特徴付けます。突然変異頻度の上昇と腫瘍の進行の間には正の相関があります。1つの例外は、クローン単一ヌクレオチド変異がほとんどない急性骨髄性白血病（AML）です。さらに、非常に敏感で正確な二重シーケンス（DS）を使用して、AMLには、対立遺伝子頻度が低い<1％のバリアントの広範なレパートリーがあり、他のほとんどのシーケンス方法の正確な検出限界を下回っています。サブクローンのバリアントは、個々の個々に固有のものであり、診断から再発まで、組成、頻度、およびシーケンスのコンテキストの変化があります。それらの機能的重要性は、多くの人が機能的に重要なタンパク質ドメイン内の既知のバリアントおよびクラスターであるという観察によって明らかです。サブクローンは、薬剤耐性と再発の発達に拡大し、貢献できるバリアントの貯水池を提供します。同様に、診断時に0.1％から0.3％のAMLドライバー遺伝子NRASおよびRUNX1のサブクローンバリアントを正確に特定しました。したがって、対立遺伝子頻度が低い臨床的再発を検出する前に、疾患の結果を改善し、患者の生存を促進する前に、早期介入の機会を提供します。

Mutations characterize diverse human cancers; there is a positive correlation between elevated mutation frequency and tumor progression. One exception is acute myeloid leukemia (AML), which has few clonal single nucleotide mutations. We used highly sensitive and accurate Duplex Sequencing (DS) to show now that AML, in addition, has an extensive repertoire of variants with low allele frequencies, < 1%, which is below the accurate detection limit of most other sequencing methodologies. The subclonal variants are unique to each individual and change in composition, frequency, and sequence context from diagnosis to relapse. Their functional significance is apparent by the observation that many are known variants and cluster within functionally important protein domains. Subclones provide a reservoir of variants that could expand and contribute to the development of drug resistance and relapse. In accord, we accurately identified subclonal variants in AML driver genes NRAS and RUNX1 at allele frequencies between 0.1% and 0.3% at diagnosis, which expanded to comprise a major fraction (14-53%) of the blast population at relapse. Early and accurate detection of subclonal variants with low allele frequency thus offers the opportunity for early intervention, prior to detection of clinical relapse, to improve disease outcome and enhance patient survival.