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Carbapenem耐性の大腸菌と肺炎Klebsiellaの広がりは世界的な関心事です。多剤耐性（MDR）分離株によって引き起こされる感染症の管理は、病院とコミュニティの両方で大きな臨床的課題をもたらします。この研究の目的は、MDR E. coliおよび肺炎分離株の遺伝的特性と変動を調査することを目的としています。19抗生物質に対する細菌の同定と抗生物質感受性試験は、標準的な方法によって行われました。全ゲノムシーケンス（WGS）は、イルミナMISEQプラットフォームを使用して、8つのカルバペネム耐性分離株で実行されました。組み立てられたドラフトゲノムに注釈が付けられ、その後、抗菌耐性（AMR）遺伝子データベースに対して配列が爆破されました。WGSは、カルバペネムや拡張スペクトルβ-ラクタマーゼ遺伝子を含むβ-ラクタマーゼの産生を媒介するいくつかの耐性遺伝子を検出しました（Blaoxa-1/-48、blakpc-2/-29、blacmy-4/-6、blashV-11/-12、blatem-1、blactx-m-15、blaokp-b、blaactおよびblaec）。さらに、OQXA/OQXB、AAC（6 '）-IB-CR5、GYRA_D87N、GYRA_S83F、GYRA_S83L、PARC_S80I、PARE_S458A、PARE_I355T、PARC_S80IおよびQNRB1を含むキノロン耐性。アミノグリコシド修飾酵素遺伝子（aph（6）-ID、aph（3″）-ib、aac（3）-iia、aac（6 '）-ib、aada1、aada2およびaada5）、トリメトプリム - スルファメトキサゾール（dfra1222/A14/A17およびSUL1/SUL2）、テトラサイクリン（TETAおよびTetb）、Fosfomycin（FOSAおよびUHPT_E350Q）耐性遺伝子、一方、他の遺伝子はクロラムフェニコール（Flor、CATA2、および排出ポンプCMIA5）、マクロライド耐性（MPH（A）およびERM（B）、および四頭紀アマニウムアマニウムエフラックスポンプQacedeltaを授与しました。ブレオマイシンとコリスチン耐性遺伝子はそうでしたBLEおよびPMRB_R256Gとしてそれぞれ検出されたWGSが提供するMDR株の包括的な分析は、AMRの成長する脅威と多面的な介入の実施に対抗するために不可欠です。。
Carbapenem耐性の大腸菌と肺炎Klebsiellaの広がりは世界的な関心事です。多剤耐性（MDR）分離株によって引き起こされる感染症の管理は、病院とコミュニティの両方で大きな臨床的課題をもたらします。この研究の目的は、MDR E. coliおよび肺炎分離株の遺伝的特性と変動を調査することを目的としています。19抗生物質に対する細菌の同定と抗生物質感受性試験は、標準的な方法によって行われました。全ゲノムシーケンス（WGS）は、イルミナMISEQプラットフォームを使用して、8つのカルバペネム耐性分離株で実行されました。組み立てられたドラフトゲノムに注釈が付けられ、その後、抗菌耐性（AMR）遺伝子データベースに対して配列が爆破されました。WGSは、カルバペネムや拡張スペクトルβ-ラクタマーゼ遺伝子を含むβ-ラクタマーゼの産生を媒介するいくつかの耐性遺伝子を検出しました（Blaoxa-1/-48、blakpc-2/-29、blacmy-4/-6、blashV-11/-12、blatem-1、blactx-m-15、blaokp-b、blaactおよびblaec）。さらに、OQXA/OQXB、AAC（6 '）-IB-CR5、GYRA_D87N、GYRA_S83F、GYRA_S83L、PARC_S80I、PARE_S458A、PARE_I355T、PARC_S80IおよびQNRB1を含むキノロン耐性。アミノグリコシド修飾酵素遺伝子（aph（6）-ID、aph（3″）-ib、aac（3）-iia、aac（6 '）-ib、aada1、aada2およびaada5）、トリメトプリム - スルファメトキサゾール（dfra1222/A14/A17およびSUL1/SUL2）、テトラサイクリン（TETAおよびTetb）、Fosfomycin（FOSAおよびUHPT_E350Q）耐性遺伝子、一方、他の遺伝子はクロラムフェニコール（Flor、CATA2、および排出ポンプCMIA5）、マクロライド耐性（MPH（A）およびERM（B）、および四頭紀アマニウムアマニウムエフラックスポンプQacedeltaを授与しました。ブレオマイシンとコリスチン耐性遺伝子はそうでしたBLEおよびPMRB_R256Gとしてそれぞれ検出されたWGSが提供するMDR株の包括的な分析は、AMRの成長する脅威と多面的な介入の実施に対抗するために不可欠です。。
The spread of carbapenem-resistant Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae is a global concern. The management of infections caused by multidrug resistance (MDR) isolates poses substantial clinical challenges in both hospitals and communities. This study aimed to investigate the genetic characteristics and variations of MDR E. coli and K. pneumoniae isolates. Bacterial identification and antibiotic susceptibility testing against 19 antibiotics were performed by standard methods. Whole genome sequencing (WGS) was carried out on eight carbapenem-resistant isolates using an Illumina MiSeq platform. The assembled draft genomes were annotated, then sequences were blasted against antimicrobial resistance (AMR) genes database. WGS detected several resistance genes mediating the production of β-lactamases, including carbapenems and extended-spectrum β-lactamase genes as (blaOXA-1/-48, blaKPC-2/-29, blaCMY-4/-6, blaSHV-11/-12, blaTEM-1, blaCTX-M-15, blaOKP-B, blaACT and blaEC). Furthermore quinolone resistance including oqxA/oqxB, aac(6')-Ib-cr5, gyrA_D87N, gyrA_S83F, gyrA_S83L, parC_S80I, parE_S458A, parE_I355T, parC_S80I, and qnrB1. In addition to aminoglycoside modifying enzymes genes (aph(6)-Id, aph(3″)-Ib, aac(3)-IIa, aac(6')-Ib, aadA1, aadA2 and aadA5), trimethoprim-sulfamethoxazole (dfrA12/A14/A17 and sul1/sul2), tetracycline (tetA and tetB), fosfomycin (fosA and uhpT_E350Q) resistance genes, while other genes were detected conferring chloramphenicol (floR, catA2, and efflux pump cmIA5), macrolides resistance (mph(A) and erm(B), and quaternary ammonium efflux pump qacEdelta. Bleomycin and colistin resistance genes were detected as ble and pmrB_R256G, respectively. Comprehensive analysis of MDR strains provided by WGS detected variable antimicrobial resistance genes and their precise resistance mechanism. WGS is essential for control and prevention strategies to combat the growing threat of AMR and the implementation of multifaceted interventions are needed.
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