ヒト表現型オントロジー（HPO）用語を使用した表現型からの遺伝子の予測

臨床的特徴を標準化し、原因遺伝子を予測するために、ヒト表現型オントロジー（HPO）用語を使用して、全エクソームシーケンス（WES）に続くゲノムバリアントの解釈を支援することができます。18歳前に診断された453人の患者に対してWESを実施し、112人の患者で114人の病原性（P）または病原性（LP）バリアントを特定しました。PhenoDBを使用してプロバイダーノートからHPO用語を抽出し、Phen2Geneを使用して、HPO用語の各リストから遺伝子スコアと遺伝子ランキングを生成しました。フェン2ジェーン遺伝子ランキングを6つのランククラスに割り当てました。クラス1は、1〜10の生遺伝子ランキングをカバーし、合計17,126の遺伝子ランキングのうち11から50のランキングをカバーしています。Phen2geneは、原因遺伝子を27.7％の症例でランククラス1または2にランク付けし、ランククラス1の遺伝子はすべて、よく特徴づけられた表現型に関連していました。遺伝子スコアと年数の間に有意な関連性が見つかりました。遺伝子が最初に公開されてから、階層深度が11または等しいHPO項、および表現型に関連する人数に関連するMendelian継承数の数を発見しました。と遺伝子。HPO階層の奥深くにある認識可能な表現型と用語に関連する遺伝子は、HPO用語のPhen2Geneソフトウェアを使用して、クラス1から2で高い遺伝子スコアを生成し、ランキングする可能性が最も高いと結論付けています。臨床医と実験室のスタッフは、HPO用語が候補遺伝子に優先順位を付けるために採用されている場合、これらの結果を考慮する必要があります。

The interpretation of genomic variants following whole exome sequencing (WES) can be aided using human phenotype ontology (HPO) terms to standardize clinical features and predict causative genes. We performed WES on 453 patients diagnosed prior to 18 years of age and identified 114 pathogenic (P) or likely pathogenic (LP) variants in 112 patients. We utilized PhenoDB to extract HPO terms from provider notes and then used Phen2Gene to generate a gene score and gene ranking from each list of HPO terms. We assigned Phen2Gene gene rankings to 6 rank classes, with class 1 covering raw gene rankings of 1 to 10 and class 2 covering rankings from 11 to 50 out of a total of 17,126 possible gene rankings. Phen2Gene ranked causative genes into rank class 1 or 2 in 27.7% of cases and the genes in rank class 1 were all associated with well-characterized phenotypes. We found significant associations between the gene score and the number of years, since the gene was first published, the number of HPO terms with an hierarchical depth greater or equal to 11, and the number of Online Mendelian Inheritance in Man terms associated with the phenotype and gene. We conclude that genes associated with recognizable phenotypes and terms deep in the HPO hierarchy have the best chance of producing a high gene score and ranking in class 1 to 2 using Phen2Gene software with HPO terms. Clinicians and laboratory staff should consider these results when HPO terms are employed to prioritize candidate genes.