大腸菌、エンテロバクターSPP、クレブシエラ肺炎、および腸球菌SPPの抗菌性耐性が巨大なパンダの糞から分離された

背景：大腸菌、エンテロバクター属、クレブシエラ肺炎およびエンテロコッカス属、巨大なパンダの一般的な腸内細菌には、日和見病原体が含まれています。巨大なパンダは絶滅危species種であり、世界野生生物財団によって脆弱であると分類されています。巨大なパンダからの細菌分離株間の抗菌抵抗性（AMR）の出現を継続的に監視することは、それらの保護だけでなく公衆衛生にとっても不可欠です。 結果：合計166 E. coli、68 Enterobacter spp。、116 K. pneumoniaeおよび117 Enterococcus spp。分離株は、166の巨大パンダの糞便サンプルから収集されました。抗菌薬感受性試験では、144 E. coli分離株、66 Enterobacter spp。分離株、110 K. pneumoniae分離株および43個の腸球菌属。分離株は、少なくとも1つの抗菌薬に耐性がありました。耐性分離株は、SUL3、Blatem、BlashV、Tetaを含む抗菌抵抗性遺伝子（ARGS）を運びました。BLAタイプの有病率の違いは、大腸菌のβ-ラクタム耐性の遺伝的基礎、腸内菌属。そして、K。pneumoniae分離株は異なっていました。16個の抗菌薬に耐性のある肺炎菌株K85株が、全ゲノムシーケンスのために選択されました。ゲノムには、col440i、incfibkおよびincfiikプラスミドが含まれており、完全に258のARGがゲノムに予測されました。予測されたARGの179は、流出ポンプ遺伝子でした。K. pneumoniae K85ゲノムのβ-ラクタマーゼ遺伝子BLACTX-M-3およびBLATEM-1の遺伝環境は、他の配列決定K.肺炎ゲノムの遺伝子と比較的類似していた。巨大なパンダの年齢層を比較する際に、大腸菌、K。pneumoniae、およびEnterobacter sppの抵抗率の違い。分離株は、異なる年齢の巨大なパンダの感染症を異なる方法で治療すべきであることを示唆した。 結論：抗菌薬耐性は、巨大なパンダからの細菌分離株で一般的であり、腸内細菌が捕虜の巨大パンダに深刻な健康リスクをもたらす可能性があることを意味します。K.肺炎K85のゲノムの耐性遺伝子は、挿入配列とインテグロン統合遺伝子と関連しており、抗菌性耐性のさらなる拡散の可能性を意味します。

BACKGROUND: Escherichia coli, Enterobacter spp., Klebsiella pneumoniae and Enterococcus spp., common gut bacteria in giant pandas, include opportunistic pathogens. The giant panda is an endangered species, classified as vulnerable by the World Wildlife Foundation. Continuous monitoring for the emergence of antimicrobial resistance (AMR) among bacterial isolates from giant pandas is vital not only for their protection but also for public health. RESULTS: A total of 166 E. coli, 68 Enterobacter spp., 116 K. pneumoniae and 117 Enterococcus spp. isolates were collected from fecal samples of 166 giant pandas. In the antimicrobial susceptibility tests, 144 E. coli isolates, 66 Enterobacter spp. isolates, 110 K. pneumoniae isolates and 43 Enterococcus spp. isolates were resistant to at least one antimicrobial. The resistant isolates carried antimicrobial resistance genes (ARGs), including sul3, blaTEM, blaSHV and tetA. The differences in the prevalence of the bla types implied that the genetic basis for β-lactam resistance among the E. coli, Enterobacter spp. and K. pneumoniae isolates was different. The strain K. pneumoniae K85 that was resistant to sixteen antimicrobials was selected for whole genome sequencing. The genome contained Col440I, IncFIBK and IncFIIK plasmids and altogether 258 ARGs were predicted in the genome; 179 of the predicted ARGs were efflux pump genes. The genetic environment of the β-lactamase genes blaCTX-M-3 and blaTEM-1 in the K. pneumoniae K85 genome was relatively similar to those in other sequenced K. pneumoniae genomes. In comparing the giant panda age groups, the differences in the resistance rates among E. coli, K. pneumoniae and Enterobacter spp. isolates suggested that the infections in giant pandas of different age should be treated differently. CONCLUSIONS: Antimicrobial resistance was prevalent in the bacterial isolates from the giant pandas, implying that the gut bacteria may pose serious health risks for captive giant pandas. The resistance genes in the genome of K. pneumoniae K85 were associated with insertion sequences and integron-integrase genes, implying a potential for the further spread of the antimicrobial resistance.