シンガポール人集団における急性胃腸炎の病原体の分子検出のためのBD MAX™腸内細菌パネルの臨床感度と特異性の評価

目的：急性胃腸炎（年齢）は、広範囲の病原体によって引き起こされます。細菌性病原体の検出のための培養方法は、時間がかかり、労働集約的です。この研究では、従来の培養および実験室で開発されたPCRアッセイ（LDT）に対してBD MAX™腸内細菌パネルを使用して、同時対立市の市販の分子法を比較し、シンガポールの細菌年齢の疫学を特徴付けました。 方法論：PCRS for Campylobacter spp。、Salmonella spp。、Shigella spp./Enterovasive Escherichia coli（EIEC）およびShiga毒素生産大腸菌（STEC）/Shigella dysenteriaeは、BD MAX™プラットフォームで行われました。同時のルーチン細菌培養（「参照標準」）は、カンピロバクター、サルモネラ、シゲラ、ビブリオ、アエロモナス属に対して行われました。矛盾がある場合、「拡張された参照標準」（LDTを使用した細菌培養）が使用されました。 結果：研究には299の便標本があり、190のサンプル（63.5％）で細菌性病原体は検出されませんでした。陽性サンプル（n = 109,36.5％）は、サルモネラ（n = 57,19.1％）、カンピロバクター（n = 28,99.4％）、ビブリオparahaemolyticus（n = 6,2.0％）、シゲラ/EIECで検出されました。= 6,2.0％）、ETEC（n = 4,1.3％）、stec（n = 2,0.7％）、aeromonas（n = 2,0.7％）、plesiomonas shigelloides（n = 1,0.3％）および3（1.0％）共感染。「拡張された参照標準」と比較して、従来の文化は38/112（33.9％）の病原体を逃しました。逆に、BD MAX™だけによるテストは、17の病原体を検出できませんでした。BD MAX™は、7つ（2.3％）の偽陽性結果を報告しました。 結論：BD MAX™は、パネル内の細菌の年齢病原体の検出率を増加させましたが、VibrioおよびAeromonas sppの検出能力がないことにより制限されました。

PURPOSE: Acute gastroenteritis (AGE) is caused by a wide range of pathogens. Culture methods for the detection of bacterial pathogens is time consuming and labour intensive. This study compared a same-day-to-result commercial molecular method using BD Max™ Enteric Bacterial Panel against conventional culture and laboratory-developed PCR assays (LDTs), and characterised the epidemiology of bacterial AGE in Singapore. METHODOLOGY: PCRs for Campylobacter spp., Salmonella spp., Shigella spp./Enteroinvasive Escherichia coli (EIEC) and Shiga toxin-producing E. coli (STEC)/Shigella dysenteriae were performed on the BD Max™ platform. Concurrent routine bacterial culture ("reference standard") was performed for Campylobacter, Salmonella, Shigella, Vibrio and Aeromonas spp. In the event of a discrepancy, an "expanded reference standard" (bacterial culture with LDT) was used. RESULTS: There were 299 stool specimens in the study, with no bacterial pathogens detected in 190 samples (63.5%). The positive samples (n = 109,36.5%) were detected with Salmonella (n = 57,19.1%), Campylobacter (n = 28,9.4%), Vibrio parahaemolyticus (n = 6,2.0%), Shigella/EIEC (n = 6,2.0%), ETEC (n = 4,1.3%), STEC (n = 2,0.7%), Aeromonas (n = 2,0.7%), Plesiomonas shigelloides (n = 1,0.3%) and 3(1.0%) co-infections. Compared to the "expanded reference standard", conventional culture missed 38/112 (33.9%) pathogens. Conversely, testing by BD Max™ alone failed to detect 17 pathogens. BD Max™ reported seven (2.3%) false-positive results. CONCLUSIONS: BD Max™ increased the detection rate of bacterial AGE pathogens in the panel, but was limited by the absence of detection capability for Vibrio and Aeromonas spp.