BIOKIT：多様な種類のシーケンスデータを処理および分析するための汎用性の高いツールキット

ゲノムアセンブリの品質評価、アライメントサマリ統計、相対的なコドンの使用、ファイル形式の変換、および処理と分析など、生物科学の多様な分野に統合されたバイオインフォマティック分析などは、生物科学の多様な分野に統合されています。これらの個々の分析のいくつかを実施するためにいくつかのコマンドラインソフトウェアが開発されていますが、これらすべての分析を実施する統一されたツールキットが不足しています。このギャップに対処するために、公開されたときに、コミュニティソースである42の機能がある汎用性の高いコマンドラインツールキットであるBiokitを紹介します。シーケンスデータなど。Biokitの有用性を実証するために、代替遺伝コードを使用する171の真菌ゲノムにわたる相対的なコドン使用の包括的な調査を実施しました。901真核生物のゲノムアセンブリの品質と特性、および10個の系統発生データマトリックスの調整されたアライメントサマリー統計。Biokitは、シーケンス分析ワークフローを促進および合理化するのに役立ちます。Biokitは、Github（https://github.com/jlsteenwyk/biokit）、pypi（https://pypi.org/project/jlsteenwyk-biokit/）のMITライセンスで無料で入手できます。/anaconda.org/jlsteenwyk/jlsteenwyk-biokit）。ドキュメント、ユーザーチュートリアル、および新機能を要求するための手順は、オンラインで入手できます（https://jlsteenwyk.com/biokit）。

Bioinformatic analysis-such as genome assembly quality assessment, alignment summary statistics, relative synonymous codon usage, file format conversion, and processing and analysis-is integrated into diverse disciplines in the biological sciences. Several command-line pieces of software have been developed to conduct some of these individual analyses, but unified toolkits that conduct all these analyses are lacking. To address this gap, we introduce BioKIT, a versatile command line toolkit that has, upon publication, 42 functions, several of which were community-sourced, that conduct routine and novel processing and analysis of genome assemblies, multiple sequence alignments, coding sequences, sequencing data, and more. To demonstrate the utility of BioKIT, we conducted a comprehensive examination of relative synonymous codon usage across 171 fungal genomes that use alternative genetic codes, showed that the novel metric of gene-wise relative synonymous codon usage can accurately estimate gene-wise codon optimization, evaluated the quality and characteristics of 901 eukaryotic genome assemblies, and calculated alignment summary statistics for 10 phylogenomic data matrices. BioKIT will be helpful in facilitating and streamlining sequence analysis workflows. BioKIT is freely available under the MIT license from GitHub (https://github.com/JLSteenwyk/BioKIT), PyPi (https://pypi.org/project/jlsteenwyk-biokit/), and the Anaconda Cloud (https://anaconda.org/jlsteenwyk/jlsteenwyk-biokit). Documentation, user tutorials, and instructions for requesting new features are available online (https://jlsteenwyk.com/BioKIT).