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Nucleic acids research2022Jul05Vol.50issue(W1)

SynergyFinder 30:複数のサンプルにわたるマルチラグ相乗のインタラクティブな分析とコンセンサス解釈

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文献タイプ:
  • Journal Article
  • Research Support, Non-U.S. Gov't
概要
Abstract

SynergyFinder(https://synergyfinder.fimm.fi)は、マルチダラグの組み合わせ応答データのインタラクティブな分析と視覚化のための無料のWebアプリケーションです。2017年の最初のリリース以来、SynergyFinderは、その機能とグラフィカルインターフェイスの開発が、化学生物学者や計算科学者の両方を含む多様なユーザーコミュニティによって駆動されてきたためです。ここでは、このコミュニティエフォルトであるSynergyFinderリリース3.0の最新のアップグレードについて説明します。組み合わせシナジーのインタラクティブなマルチサンプル分析、複数のSynergy Scoring Modelsを組み合わせた新しいコンセンサスシナジースコア、および改善された尾側をサポートする多くの斬新な機能を紹介します。誤検知結果を排除する検出機能と、薬物濃度による相乗作用の重み付けや、相乗効果の異なるモード(効力と有効性)を区別するなど、他の多くの分析後のオプション。ユーザーのリクエストに基づいて、新しいデータの視覚化やマルチラグの組み合わせのエクスポートオプションなど、いくつかの追加の改善も実装されました。これらの改善により、SynergyFinder 3.0は、マルチラグの組み合わせの発見と臨床翻訳のための一貫した組み合わせの相乗効果の堅牢な識別をサポートします。

SynergyFinder(https://synergyfinder.fimm.fi)は、マルチダラグの組み合わせ応答データのインタラクティブな分析と視覚化のための無料のWebアプリケーションです。2017年の最初のリリース以来、SynergyFinderは、その機能とグラフィカルインターフェイスの開発が、化学生物学者や計算科学者の両方を含む多様なユーザーコミュニティによって駆動されてきたためです。ここでは、このコミュニティエフォルトであるSynergyFinderリリース3.0の最新のアップグレードについて説明します。組み合わせシナジーのインタラクティブなマルチサンプル分析、複数のSynergy Scoring Modelsを組み合わせた新しいコンセンサスシナジースコア、および改善された尾側をサポートする多くの斬新な機能を紹介します。誤検知結果を排除する検出機能と、薬物濃度による相乗作用の重み付けや、相乗効果の異なるモード(効力と有効性)を区別するなど、他の多くの分析後のオプション。ユーザーのリクエストに基づいて、新しいデータの視覚化やマルチラグの組み合わせのエクスポートオプションなど、いくつかの追加の改善も実装されました。これらの改善により、SynergyFinder 3.0は、マルチラグの組み合わせの発見と臨床翻訳のための一貫した組み合わせの相乗効果の堅牢な識別をサポートします。

SynergyFinder (https://synergyfinder.fimm.fi) is a free web-application for interactive analysis and visualization of multi-drug combination response data. Since its first release in 2017, SynergyFinder has become a popular tool for multi-dose combination data analytics, partly because the development of its functionality and graphical interface has been driven by a diverse user community, including both chemical biologists and computational scientists. Here, we describe the latest upgrade of this community-effort, SynergyFinder release 3.0, introducing a number of novel features that support interactive multi-sample analysis of combination synergy, a novel consensus synergy score that combines multiple synergy scoring models, and an improved outlier detection functionality that eliminates false positive results, along with many other post-analysis options such as weighting of synergy by drug concentrations and distinguishing between different modes of synergy (potency and efficacy). Based on user requests, several additional improvements were also implemented, including new data visualizations and export options for multi-drug combinations. With these improvements, SynergyFinder 3.0 supports robust identification of consistent combinatorial synergies for multi-drug combinatorial discovery and clinical translation.

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