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Chemical communications (Cambridge, England)2022Jun23Vol.58issue(51)

二本鎖RNAにおけるシトシンのトリプルヘリカルフーグステン認識のための2-グアニジルピリジンPNAヌクレベース

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文献タイプ:
  • Journal Article
概要
Abstract

トリックス形成ペプチド核酸では、新規2-グアニジルピリジンヌクレベーゼ(V)により、C-G塩基対のフーグスティーンの顔全体を関与させることにより、dsRNAのポリプリン管の最大2つのシトシン中断を認識できます。ab initioおよび分子動力学シミュレーションは、v・c-gトリプレットを安定化するH結合相互作用に関する洞察を提供しました。私たちの結果は、改善された核酸塩基の将来の設計に関する洞察を提供しました。これは、DSRNAのシーケンスの認識の究極の目標に向けた重要なステップです。

トリックス形成ペプチド核酸では、新規2-グアニジルピリジンヌクレベーゼ(V)により、C-G塩基対のフーグスティーンの顔全体を関与させることにより、dsRNAのポリプリン管の最大2つのシトシン中断を認識できます。ab initioおよび分子動力学シミュレーションは、v・c-gトリプレットを安定化するH結合相互作用に関する洞察を提供しました。私たちの結果は、改善された核酸塩基の将来の設計に関する洞察を提供しました。これは、DSRNAのシーケンスの認識の究極の目標に向けた重要なステップです。

In triplex-forming peptide nucleic acid, a novel 2-guanidyl pyridine nucleobase (V) enables recognition of up to two cytosine interruptions in polypurine tracts of dsRNA by engaging the entire Hoogsteen face of C-G base pair. Ab initio and molecular dynamics simulations provided insights into H-bonding interactions that stabilized V·C-G triplets. Our results provided insights for future design of improved nucleobases, which is an important step towards the ultimate goal of recognition of any sequence of dsRNA.

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