マイクロアレイとバイオインフォマティック分析は、結腸直腸癌の新規予後署名としてM6A修飾CircrNAの親遺伝子を明らかにしています

背景：蓄積の証拠は、異常なN6-メチルアデノシン（M6A）修飾が癌の発生、発達、進行、予後と密接に関連していることを明らかにしました。M6Aの修正がcircrnasに広く存在し、シルナの代謝の調節においてその重要な生物学的機能を発見したことは注目に値します。ただし、結腸直腸癌（CRC）におけるM6A修飾シルナの役割は不明のままです。CRCの病因におけるシルクナの役割をよりよく理解するために、M6A修飾シルクナとその親遺伝子の関係に焦点を当てます。 方法：ArrayStar M6A-CirCRNAエピトルンスクリプトームマイクロアレイを使用して、CRCとコントロールグループの間の特異的なM6A修飾シルナを特定しました。さらに、TCGA-CoadおよびGSE106582コホートを使用して、差次的に発現したmRNAを識別しました。この研究では、遺伝子発現、生存予後、濃縮分析など、シルクナとmRNAの両方がさらにダウンレギュレートされた親遺伝子をさらにダウンレギュレートして分析しました。さらに、Westernブロッティングを使用して、CRCにおける親遺伝子の役割をさらに検証しました。 結果：マイクロアレイデータにより、CRCのCIRCRNAを大幅に下方制御したことがわかりました。さらに、TCGA-Coadコホートに基づいてCRCの予後との関係を分析するために、シルナとmRNAの両方がダウンレギュレートされた113の親遺伝子を取得しました。また、ABCD3、ABHD6、GAB1、MIER1、MYOCD、PDE8A、RPS6KA5、TPM1、WDR78を含む9つの潜在的な予後遺伝子を特定しました。これらの遺伝子の低い発現は、CRC患者の生存予後不良と関連していた。さらに、TPM1はWesternブロッティング実験によってCRCでダウンレギュレートされていることがわかりました。そして、カルシウムシグナル化経路には、CRC進行のプロセスが含まれる場合があります。 結論：M6A修飾シルナの親遺伝子とCRCの進行を分析した後、9つの潜在的な予後遺伝子を特定しました。とりわけ、我々の研究はさらに検証されたTPM1がCRC患者のポテンテール署名として機能する可能性があります。

BACKGROUND: Accumulating evidences have revealed that the abnormal N6-methyladenosine (m6A) modification is closely associated with the occurrence, development, progression and prognosis of cancer. It is noteworthy that m6A modification is widely existed in circRNAs and found its key biological functions in regulating circRNAs metabolism. However, the role of m6A modified circRNAs in colorectal cancer (CRC) remains unknown. To better understand the role of circRNAs in the pathogenesis of CRC, we focus on the relationship between m6A-modified circRNAs and their parental genes. METHODS: Arraystar m6A-circRNA epitranscriptomic microarray was used to identify differentially m6A modified circRNAs between CRC and the control group. In addition, TCGA-COAD and GSE106582 cohort were used to identify differentially expressed mRNAs. In this study, we screened the parental genes for which both circRNAs and mRNAs were down-regulated further to analyze, including gene expression, survival prognosis, enrichment analysis. Additionally, Western Blotting was used to further validate the role of the parental gene in CRC. RESULTS: We found that 1405 significantly downregulated circRNAs in CRC by our microarray data. Moreover, we obtained 113 parental genes for which both circRNAs and mRNAs were down-regulated to analyze the relationship with the prognosis of CRC based on TCGA-COAD cohort. And we identified nine potential prognostic genes, including ABCD3, ABHD6, GAB1, MIER1, MYOCD, PDE8A, RPS6KA5, TPM1 and WDR78. And low expression of these genes was associated with poor survival prognosis of the patients with CRC. In addition, we found that TPM1 is downregulated in CRC by western blotting experiment. And the calcium-signaling pathway may involve the process of the CRC progression. CONCLUSIONS: We identified nine potential prognostic genes, after analyzed the relationship between the parental genes of m6A modified circRNAs and the progression of CRC. Above all, our study further validated TPM1 can serve as a potentail signature for CRC patients.