2011年から2018年までの南中国からのJEV分離株のゲノム特性とEタンパク質バイオインフォマティクス分析

日本の脳炎は、日本の脳炎ウイルス（JEV）によって引き起こされる蚊媒介の人獣共通感染症です。JEVは、アジアのウイルス性脳炎の主な原因であるだけでなく、世界中のウイルス性脳炎の主要な原因の1つでもあります。JEVの遺伝的進化とEタンパク質特性を理解するために、2011年から2018年にかけて中国南部から収集されたブタJEサンプルの疑い263が検査されました。78個の中止されたブタ胎児がJev核酸陽性であり、正の29.7％であることがわかった。さらに、4つのJEVバリアントは、JEV-Nucleic-ACID陽性材料、すなわちCH/GD2011/2011、CH/GD2014/2014、CH/GD2015/2015、およびCH/GD2018/2018から分離されました。4つのJEV分離株の細胞培養およびウイルス力価の決定により、4つのJEV分離株がVero細胞で安定に増殖できることを示し、ウイルス力価は108.5 TCID 50/mLと同じでした。4つのJEV分離株の全ゲノムシーケンスを配列決定しました。Jev E遺伝子と全ゲノムの系統解析に基づいて、CH/GD2011/2011およびCH/GD2015/2015がGIIIタイプに属し、CH/GD2014/2014およびCH/GD2018/2018はGIタイプに属し、JEVクラシック株CH/BJ/1995とは大きく異なることがわかりました。バイオインフォマティクスツールを使用して、Eタンパク質リン酸化部位、グリコシル化部位、B細胞抗原エピトープ、および4つのJEV分離株におけるEタンパク質の3D構造をモデル化しました。JEVの有病率とEタンパク質の生物学的機能の分析は、JEVの予防と制御、および抗ウイルス薬の設計の理論的基礎を提供できます。

Japanese encephalitis is a mosquito-borne zoonotic epidemic caused by the Japanese encephalitis virus (JEV). JEV is not only the leading cause of Asian viral encephalitis, but also one of the leading causes of viral encephalitis worldwide. To understand the genetic evolution and E protein characteristics of JEV, 263 suspected porcine JE samples collected from South China from 2011 to 2018 were inspected. It was found that 78 aborted porcine fetuses were JEV-nucleic-acid-positive, with a positive rate of 29.7%. Furthermore, four JEV variants were isolated from JEV-nucleic-acid-positive materials, namely, CH/GD2011/2011, CH/GD2014/2014, CH/GD2015/2015, and CH/GD2018/2018. The cell culture and virus titer determination of four JEV isolates showed that four JEV isolates could proliferate stably in Vero cells, and the virus titer was as high as 108.5 TCID 50/mL. The whole-genome sequences of four JEV isolates were sequenced. Based on the phylogenetic analysis of the JEV E gene and whole genome, it was found that CH/GD2011/2011 and CH/GD2015/2015 belonged to the GIII type, while CH/GD2014/2014 and CH/GD2018/2018 belonged to the GI type, which was significantly different from that of the JEV classical strain CH/BJ-1/1995. Bioinformatics tools were used to analyze the E protein phosphorylation site, glycosylation site, B cell antigen epitope, and modeled 3D structures of E protein in four JEV isolates. The analysis of the prevalence of JEV and the biological function of E protein can provide a theoretical basis for the prevention and control of JEV and the design of antiviral drugs.